La construcció del temple fou començada el 766 pel monjo budista Shōdō Shōnin, a la seva ubicació remota a les muntanyes, com a lloc per als monjos budistes que busquen la solitud. El temple es va anar ampliant regularment, sobretot a principis de l'Era Edo, i el 1653, fou construït el mausoleu del shogun Tokugawa Iemitsu.[1]

L'any 1999 va ser declarat Patrimoni de la Humanitat per la UNESCO, com a part dels santuaris i temples de Nikkō.[2]