La cabra blanca és el símbol oficial del parc.

Segons les restes arqueològiques, els pobles indígenes d'Amèrica van ocupar la zona fa deu mil anys.[1] Els primers colons amb llinatge amb els pobles actuals foren els bitterroot salish, els xoixon i els xeiene. Els blackfoot van arribar a la zona als inicis del segle xvii dominant el vessant oriental, que després es convertiria en el parc i les Grans Planes que són a l'est. La regió del parc aportava als blackfoot refugis contra els vents hivernals de les planes, suplint les seves tradicionals caceres de bisons per altres tipus d'aliments. La Blackfeet Indian Reservation és a l'est del parc, mentre que la Flathead Indian Reservation és al sud-oest del parc. Quan es va crear la reserva dels blackfoot, el 1855, s'incloïa el territori oriental del parc fins a la Divisòria Continental.[2] Per als blackfoot, les muntanyes de la zona, sobretot la muntanya Chief i la regió del sud-est eren els "Ossos negres del món", que es visitaven durant les cerimònies de canvi d'estatus social. El 1895 els blackfoot autoritzaren la venda de la zona muntanyosa (uns 3.200 km²) al govern dels Estats Units per 1,5 milions de dòlars. Amb la venda van quedar establertes les fronteres actuals de la reserva.

Durant l'exploració del Marias River, el 1806, l'Expedició de Lewis i Clark s'endinsà 80 quilòmetres a la zona que actualment ocupa el parc. A partir del 1850 van començar les exploracions per a cartografiar la zona. George Bird Grinnell va arribar a la regió a finals de la dècada del 1880, quedant tan impressionats amb el paisatge, que pugnà durant dues dècades per a la creació d'un parc nacional. El 1901 Grinnel va escriure una descripció de la regió a la qual es referia amb la zona com a la Corona del Continent. Els seus esforços per a protegir la zona el convertiren en el gran contribuent a la causa.[3] Uns quants anys després de la visita de Grinnel, el 1892, Henry L. Stimson i dos companys, entre els que hi havia un blackfoot, van escalar la cara est del mont Chief.

El 1891 es va acabar la construcció de la Gran Línia Fèrria del Nord per l'empresa Great Northern Railway, que travessa la Divisòria Continental, al Marias Pass (1.589 m sobre el nivell del mar), a la frontera meridional del parc. La companyia gestora pressionà al Congrés per a la creació d'una zona protegida, que es va aconseguir el 1900 amb la creació d'una reserva forestal. Aquest tipus de protecció mediambiental permetia l'explotació minera, tot i que va haver d'ésser abandonada per l'escassa rendibilitat econòmica. En un esforç per a estimular l'ús de la via de ferrocarril, es va promocionar l'esplendor de la regió. Tot i això, van continuar els esforços per a la creació d'un parc nacional, encoratjats sobretot per George Bird Grinnell, Henry L. Stimson i la companyia gestora de les vies de ferrocarril. El 1910 s'aprovà una llei al Congrés que elevava la reserva forestal a l'estatus de parc nacional. La llei fou sancionada pel president William Howard Taft l'11 de maig del 1910.

La Great Northern Railway, sota la supervisió del seu president Louis W. Hill, construí una sèrie d'hotels i xalets per a promoure el turisme. Aquests edificis es van construir seguint el model suís, seguint la idea de Hill de convertir la regió en la Suïssa americana. Els turistes s'apropaven a la zona de glaceres del nord-est a cavall o amb autobusos.[4]

 Construcció de la carretera Going-to-the-Sun amb la muntanya homònima al fons, 1932.

Entre els xalets, construïts entre el 1910 i el 1913, hi ha: Belton, St. Mary, Sun Point, Two Medecine, Sperry, Granite Park, Cut Bank i Gunsight Lake. La companyia gestora de les línies de ferrocarril també va construir el Glacier Park Lodge, adjacent al parc a la zona oriental i l'hotel Many Glacier, a la riba oriental del Llac Swiftcurrent. Louis Hill fou l'encarregat de seleccionar en persona la localització de cadascuna de les construccions, triant llocs completament diferents i buscant grans vistes des de cada habitació. Un altre pioner en la construcció dels establiments hotelers fou John Lewis, que va construir el Lewis Glacier Hotel, al Llac McDonald, entre el 1913 i el 1914. La Companyia gestoria de les línies de ferrocarril va adquirir l'hotel i li va canviar el nom pel de Lake McDonald Lodge. Els xalets foren creats en zones rurals a les que només s'hi podia accedir a peu o a cavall. Avui en dia, només resten oberts els xalets d'Sperry i de Granite Park, mentre que l'edifici que pertanyia al xalet Two Medicine avui en dia és la botiga Two Medicine.[5] Els edificis construïts per la companyia gestora de les vies fèrries són inclosos a la llista dels llocs històrics nacionals.[6] En total, 350 estructures estan catalogades en el registre nacional de llocs històrics. Després de l'establiment del parc i de l'arribada de turistes, es va plantejar el problema de com fer els accessos per als cotxes. Per això es va decidir la creació d'una autopista de 85 quilòmetres denominada Going-to-the-Sun Road que es va acabar el 1932. També coneguda com a Carretera del Sol, la carretera divideix el parc en dues zones i és l'única que entra al parc, passant sobre la Divisòria Continental al Logan Pass (2033 m.). La carretera també està inclosa en la llista de llocs històrics i el 1985 es designà punt de referència històric de l'enginyeria civil. Una altra ruta, a través de la frontera sud del parc és la Ruta 2, que atravessa la Divisoria Continental al Marias Pass, connectant les localitats de West Glacier i East Glacier Park Village. Durant la dècada dels 1930, el Civilian Conservation Corps preparà diferents punts de la zona.

El 2003, un incendi forestal va consumir el 13% de la zona occidental del parc.[7] També hi va haver incendis als boscos del voltant.