La mesquita va ser edificada per Khan Jahan Ali,[1] a mitjans del segle xv, a la colònia musulmana fundada al manglar dels Sundarbans, a prop de la costa al districte de Bagerhat, que va esdevenir una ciutat pròspera durant el regnat del sultà Mahmud Shah Nasiruddin, conegut com a 'Khalifalabad'.[2] La construcció de la mesquita es va iniciar el 1442[2] i es va acabar el 1459. Va ser utilitzat per a oracions, i també com a madrasha i com a saló d'assemblees.[3] Després de la seva mort l'edifici va anar quedant en l'oblit i va arribar la deterioració més absoluta que, a finals del segle xix, va provocar que les torres de les cantonades s'haguessin esfondrat, els pilars propers a les parets estiguessin en ruïnes i que el sostre estigués cobert de densa vegetació. L'administració britànica del territori va iniciar mesures per a la seva restauració i reparació que van continuar sota el control dels successius departaments d'Arqueologia del Pakistan i Bangladesh. A principis dels anys vuitanta va començar un programa a llarg termini per salvaguardar aquest monument històric a instàncies de la Unesco.[4]