Els orígens de Matera daten de la prehistòria. Per la gran quantitat d'habitatges excavats al tuf (tipus de roca volcànica) també és coneguda com la "ciutat subterrània". Degut a la continuïtat de l'existència de l'home des del paleolític fins a l'actualitat és considerada un dels assentaments més antics del món.

La ciutat va ser ocupada per les primeres colònies gregues d'Itàlia i després va estar sota la dominació romana. El 568 era territori dels longobards, expulsats el 612 pels bizantins. Va ser reconquerida el 664 pels longobards i va formar part del ducat de Benevent.

L'any 867 continuava en mans dels longobards, els quals, degut a l'assetjament que patien per part dels sarraïns, van demanar la intervenció de l'emperador Lluís II, el qual la va incendiar per tornar-la a reconstruir. El 938 pateix altres incursions i saquejos per part dels sarraïns.

Va ser conquerida pels normands, que van crear el comtat de Matera, el qual va ser governat com un estat independent. El primer comte, el 1043, va ser Guillem d'Altavilla.

Al segle xv va pertànyer a la Corona d'Aragó. Els aragonesos es varen comprometre a mantenir-la sota la dependència de la corona, però no varen mantenir el seu compromís i la varen vendre al comte Giovan Carlo Tramontano, que era odiat per la població i va ser assassinat el 1514. Posteriorment es varen alternar períodes de llibertat i sotmetiment.[1]