S'admet la hipòtesi que els druides irromperen a Manzanares cap al 1000 a C, quedant reminiscències de ritus druides en una festa religiosa de la localitat: la de la Verge de Peña Sacra. Molt de temps després, en els anys de la conquesta de Roma, els pobladors de l'enclavament van entaular guerres sense caserna contra els invasors, quedant un assentament romà a Manzanares, vestigi d'aquella civilització.

Després del període visigot i de conquesta àrab, el poble reneix el 1248, temps que molts madrilenys durant la Reconquesta van anar a la presa de Sevilla i els segovians van repoblar Manzanares, tal com es desprèn del testimoniatge que consta en una missiva expedida per Ferran III. A causa de l'assentament i expansió cap al Sud dels segovianos en aquestes terres, comença en aquells dies una pugna entre aquests i els madrilenys que es va solucionar, passats els anys, quan Alfons X va incorporar aquests llocs a la Corona, passant llavors a denominar-se "El Real de Manzanares". Joan I va cedir el territori a Pedro González de Mendoza a fins del segle xiv, sent precisament amb la saga dels Mendoza quan el Real de Manzanares viu la seva màxima esplendor, durant els segles xv i xvi.

Posteriorment, va passar per matrimoni a les mans d'altres membres de la noblesa, fins que en el segle xviii regressa als dominis dels Mendoza, a qui Felip V va concedir la possessió perpètua. Finalment, destacar que Manzanares és el bressol de l'Autonomia Madrilenya, sent el seu castell l'emplaçament triat en 1982 per a la celebració de l'acte de constitució de l'Assemblea de Parlamentaris de Madrid i per al nomenament de la ponència redactora de l'Estatut d'Autonomia. Les Institucions Públiques i Privades i, el que és més important, els veïns de Manzanares, conscients de la seva fortuna davant l'enclavament natural privilegiat i l'herència cultural que gaudeixen, han estat, són i seran sempre els perfectes amfitrions en la qual és la seva casa, però assoleixen que un asseu com seva.