Al final del s. XIX, Khndzoresk era el poble més gran d'Armènia oriental. A principis del s. XX la comunitat arribava a 8.300 habitants (1.800 cases). El 1913 hi havia 27 botigues, 3 blanqueries i 7 escoles. El poble és famós per participar en l'alliberament de Davit Bek, un dels herois d'Armènia que lluità contra otomans i perses al s. XVIII. La fortalesa de Khndzoresk serví de base militar per a Mkhitar Sparapet al 1728-1730, que preservà allò que havia conquistat Bek a Siunik, llavors Zangezur. El 1735 el catolicós Abraham Kretatsi, cap de l'Església Apostòlica Armènia, visità el poble i deixà una minuciosa descripció de la comunitat en les seues cròniques. En la dècada de 1980, per raons polítiques, es construí un poble a 7 km de Khndzoresk, considerablement més petit, conegut com a baix Khndzoresk, o Nerkin Khndzoresk.