Ajuntament de Kaunas.

Al lloc on avui hi ha la part antiga de Kaunas, en la confluència de dos grans rius, hi va haver un assentament al segle x aC Segons la llegenda, la ciutat va ser fundada el 1030, però els primers testimonis escrits són de 1361. Al segle xiii es va construir un mur de pedres per protegir-se dels constants setges dels reis teutons. En 1362, la ciutat va ser capturada pels reis teutons, que van destruir el castell, però va ser recuperada el 1404.

En 1408 es va atorgar a la ciutat els Drets de Magdeburg per part de Vytautas el Gran. El castell va ser reconstruït a principis del segle xv. Kaunas va començar llavors a créixer com una important ciutat en les interseccions de les rutes de comerç i com a port fluvial. El 1441 Kaunas es va unir a la Hansa i es van obrir oficines de comerç de la Hansa. Ja en el segle xvi gaudia Kaunas d'una escola pública, un hospital i una drogueria i era una de les ciutats més ben formades del Gran Ducat de Lituània.

El segle xvii i el xviii van ser desafortunats per a Kaunas. El 1665, l'exèrcit rus va atacar la ciutat diverses vegades. El 1701, la ciutat va ser ocupada per l'exèrcit suec, i també va patir plagues els anys 1657 i 1708, així com focs el 1731 i el 1732. Després del repartiment de l'estat polonès-lituà de 1795 la ciutat va ser ocupada per Rússia. El 1812, el Gran Exèrcit de Napoleó va creuar el Neman, de manera que la ciutat va ser devastada dues vegades aquell any.

Durant els Repartiments va ser un dels centres de l'Aixecament de novembre (1830-1831) i l'Aixecament de gener (1863-1864). Per prevenir problemes posteriors amb la població local, les autoritats russes van ubicar una enorme guarnició militar a la ciutat. Les fortificacions militars russes d'aquell temps encara sobreviuen per la ciutat.

El 1862 es va construir un ferrocarril entre l'Imperi Rus i Alemanya, fent de Kaunas un important nus ferroviari. En 1898 va començar a operar la primera planta generadora d'energia. Després que Vílnius fos ocupada pels bolxevics russos el 1919, el govern de la república de Lituània establí les seves oficines principals. Posteriorment, quan Vílnius va ser presa per Polònia i anomenada Lituània central, Kaunas va esdevenir la capital de Lituània fins a 1940, quan el país va ser ocupat per la Unió Soviètica i la capitalitat va ser retornada a Vílnius.

Entre les Guerres Mundials la indústria de Kaunas prosperà, atès que era la ciutat més gran de Lituània. Durant la Segona Guerra Mundial la ciutat va patir greus estralls per l'ocupació alemanya (1941-1944) amb l'establiment del Gueto de Kovno (també anomenat camp de concentració de Kauen), que van donar com a resultat la mort de més de 30.000 jueus de la ciutat. Durant l'etapa soviètica va ser restaurada i va esdevenir la ciutat industrial més important de Lituània - produïa al voltant d'una quarta part de la producció lituana d'aquells dies. Els troleibusos van començar a operar el 1966.

Després de la proclamació de la independència lituana a 1991, la Unió Soviètica va intentar sufocar la revolta sustentada en les emissores de ràdio i televisió de Sitkunai, que eren la part crítica dels mitjans lliures restants. Van ser protegits per la gent de la ciutat, a despit del risc de dany.

Històric de població  El Castell de Kaunas (segle XIV).Any Nombre d'habitants 1723 28.000 1796 8.500 1813 3.000 1825 5.000 1840 8.500 1860 23.300 1897 71.000 1923 92.000 1940 154.000 1959 214.000 1966 275.000 1989 418.087 2001 378.943 2004 366.666