Làpida nestoriana amb inscripcions en uigur, trobada a Issik Kul, datada el 1312

El llac Issik Kul era una escala a la Ruta de la Seda, una ruta terrestre per als viatgers de l'Extrem Orient a Europa. El gran monjo erudit budista xinès Xuan Zang va passar per aquest llac i va anotar els detalls al clàssic diari de viatge Great Tang Records sobre les regions occidentals al segle VII. El llac va ser una vegada part del territori de la dinastia Qing de la Xina i va ser cedit a Rússia, juntament amb el territori circumdant, després del Tractat de Tarbagatai.

Molts historiadors creuen que el llac va ser el punt d'origen de la pesta Negra que va afectar Europa i Àsia a principis i mitjans del segle XIV.[1] L'any 2022, els investigadors van informar sobre l'anàlisi del material genètic conservat de set individus enterrats en dos cementiris prop d'Issik Kul i van determinar que la pesta negra hi era present el 1338 o el 1339.[2] La plaga va infectar per primera vegada persones en un petit assentament proper de comerciants vuit anys abans que devastés Euràsia, matant el 60 per cent de la població, després d'haver viatjat per les rutes comercials.[3] L'estatus del llac com a camí secundari per als viatgers va permetre que la plaga s'estengués per aquests continents a través de comerciants medievals que, sense saber-ho, portaven amb ells animals infestats.

El nivell del llac és d'uns 8 m més alt que a l'època medieval. Els bussejadors han trobat restes d'assentaments submergits en zones poc profundes al voltant del llac.

Els articles identificats com les monedes existents més antigues del món es van trobar sota l'aigua, amb anells de fil d'or utilitzats com a petit canvi i una gran peça d'or hexaèdrica. També es va trobar un calderó de bronze amb un nivell d'artesania que avui s'aconsegueix utilitzant un entorn de gas inert .[4][5]

El 1916, el monestir d'Issik Kul va ser atacat pels rebels kirguisos, i set monjos van ser assassinats.[6]

 Imatge retallada de l’Atles Català de 1375 que representa el llac (al nord a la part superior). La inscripció diu: El lloc es diu Ysicol. En aquest lloc hi ha un monestir de germans armenis, que diuen, aquí hi ha Mateu l'apòstol i evangelista.

El 2007 es van descobrir restes d'una civilització de vers el segle v aC amb una gran ciutat o metròpolis. També es van trobar objectes escites. La següent notícia d'aquesta zona és que hi vivien els nòmades wusun, esmentat pels xinesos al segle ii. El llac fou esmentat per xinès Hüang Chuang al segle vii amb el nom de Ze Hai (mar Calenta, perquè l'aigua mai està gelada) i llavors la població era sedentària i havia construït alguns pobles el principal dels quals fou Barskhan que donà nom al riu Barskun (de fet un establiment de 9 pobles, 4 grans i 5 petits); l'altra ciutat a destacar, situada a l'oest de Barskhan, era Tunk (que dona nom al riu Ton). El nom turc apareix al Hudad al-alam com Isik Köl, i també Iskuk o Iskul.

Aquesta civilització sedentària, emparentada a la de la vall del riu Txu, havia desaparegut al segle xiv deixant molt pocs rastres (entre ells un cementiri musulmà del segle xii i un de nestorià amb inscripcions del segle XIV). Els mongols anomenaven el llac com Temurtu Nor (llac de ferro).

Tamerlà va construir una fortalesa al mig del llac, a una illa, segurament l'anomenada per Haydar Mirza com a Koi Su (les illes del llac han desaparegut totes, probablement per causa d'un terratrèmol). Al segle xvii la regió va passar als calmucs budistes, i quan al segle xviii foren derrotats pels xinesos les terres del llac Van passar als quirguisos. El 1856 hi van arribar els russos (coronel Khomentovskiy) i els quirguisos de la zona es van sotmetre a Rússia (els primers el 1855 i els darrers el 1860).

Els russos van fundar prop de la punta est la vila de Karakol que va prendre el nom de Przhevalsk el 1888 (en honor de l'explorador Przhevalski que hi va morir) i que el 1897 tenia quasi 8.000 habitants i a la meitat del segle XX uns 15.000. Actualment és la capital de la província d'Issik Kul del Kirguizistan. Sota el règim soviètic es van crear alguns balnearis per treballadors a la rodalia de Cholpon-Ata.