A mitjan segle xix els uigurs es rebel·laren contra la Xina, però van ser vençuts. Aleshores molts uigurs migraren a la zona del Kazakhstan entre el 1860 i 1880.[1]

L'any 1949, després d'aniquilar la República Islàmica Independent de l'est del Turkestan, la Xina comunista inicia un període de repressió que tindrà com a resultat milers de víctimes i la quasi aniquilació de la cultura uigur.

A la dècada dels seixanta del segle xx, es produeixen massives migracions de uigurs i kazakhs cap a l'URSS, per tal de fugir de la repressió maoista. Amb la desaparició del bloc soviètic, quasi tots els pobles de la regió van assolir la seva independència política, tret dels uigurs que han estat sotmesos a una forta pressió migratòria per part de l'estat xinès en favor de l'ètnia han, majoritària a la Xina.[cal citació]

Durant les dècades dels seixanta i setanta ocorregueren dos onades de migració, amb les fronteres obertes dels uigurs cap al Kazakhstan, concentrats a la província d'Almati.[1]

En l'actualitat, la repressió es fa especialment palesa en l'àmbit religiós (l'any 1997, van ser executats 30 nacionalistes musulmans acusats «d'actuar obertament com a agitadors contra els estaments oficials»).[cal citació]

El 2009 els uigurs eren l'1,9% de la població del Kazakhstan. El 2015 eren el cinquè grup humà més nombrós del Kazakhstan, principalment població rural amb un creixement natural molt alt.[1]