Sinagoga Alta (en txec: Vysoká synagoga) va ser finançada per Mordechai Maisel, i es va acabar el 1568, el mateix any que la ciutat jueva. Saló. Probablement va tenir el model de la Sinagoga Alta de Cracòvia, que es va construir l'any 1556 a Polònia. La casa va ser dissenyada per P. Roder en estil renaixentista (el constructor supervisor va ser el mestre Rada). Va ser dissenyat com un lloc de predicació per als regidors de l'ajuntament jueu. Al centre hi havia bimah, envoltat de seients. Mordechai Maisel va donar peces de Torà i eines de plata a la sinagoga. El sostre d'estuc era de volta de creueria gòtica.

L'any 1689 va ser destruïda pel Gran Incendi. La sinagoga va ser reconstruïda.

L'any 1883 la sinagoga va ser reconstruïda per J. M. Wertmüller. Durant aquesta modificació la façana es va simplificar a l'aspecte modern.

L'any 1907 es va tancar l'entrada est i es va fer una nova entrada davant del carrer Roig (Červená ulice).

Altres reconstruccions van ser durant 1961, 1974–79 i 1982.

Durant el domini nazi i comunista, la sinagoga formava part del Museu Jueu i hi havia una exposició de llibres antics hebreus.