Durant el període neolític, Guilin és una regió on visqueren els avantpassats dels zhuang. La història de la ciutat es remunta a fa uns 9.000 anys; s'han trobat restes arqueològiques que demostren que la zona va estar poblada des del neolític. La història de la ciutat es pot dividir en quatre períodes diferents:

El primer període es perllonga des de la prehistòria fins, aproximadament, l'any 256 aC. Durant aquesta època, la ciutat va estar habitada pels membres de les ètnies baiyuque, que es dedicaven bàsicament a la pesca i en menor mesura a l'agricultura. El segon període, entre l'any 221 aC i el 207 aC (dinastia Qin) va ser el de l'establiment del comtat de Guilin, el primer origen del nom "Guilin". El tercer període històric abastaria els anys compresos entre 265 i 1949. L'any 28 dC, es convertí en la capital del Regne Xiahou, cosa que va produir una ampliació de la ciutat. L'any 265 Guilin es convertí en la capital provincial i així ha continuat fins avui dia. Vinculada a la cort imperial xinesa des de l'any 214 aC, les relacions amb el centre de poder sempre van ser un distants i fins al segle xii la van considerar una ciutat remota.

Finalment, l'últim període en la història de Guilin s'inicia l'any 1982, moment en què és reconeguda oficialment com una «famosa ciutat històrica i cultural de la Xina», la primera distinció d'aquestes característiques que es concedia en tota la República Popular. Des de llavors, a poc a poc va esdevenir una ciutat turística de fama mundial.[1]