El lloc on Gouda es troba actualment era al voltant de l'any 1000 un terreny pantanós esquitxat de rierols com ara el Gouwe. Al llarg de les ribes del Gouwe es va començar a extreure torba al segle xi i el segle xii, concretament on avui estan situats el mercat i l'ajuntament. En 1143 es menciona el nom de Gouda per primera vegada en una carta del bisbe d'Utrecht. Al voltant de 1225 es va comunicar a través d'un canal el Gouwe amb el Vell Rin i la desembocadura del Gouwe a l'IJssel va ser engrandida fins a construir un port. El castell de Gouda va servir per donar defensa a aquest port.

La ruta així creada va ser utilitzada per al comerç de Flandes i França amb Holanda i la zona del Mar Bàltic. El 1272 el comte Florenci V d'Holanda va atorgar els furs a la ciutat, que mentrestant havia adquirit una considerable importància. Hi va haver de patir dos incendis importants el 1361 i 1438. El 1572 la ciutat va ser ocupada pels protestants revoltats contra Felip II, van incendiar un monestir de la ciutat i van saquejar un altre més. El 1577 es va dur a terme la demolició del castell. Com moltes altres ciutats dels Països Baixos, Gouda també va ser afectada per la pesta en 1602. Fins a 1.750 no va arribar a recuperar-la xifra de població perduda.

A partir de 1830 es comencen a enderrocar les muralles de la ciutat, acabant-se amb l'última porta d'accés a la ciutat el 1854, i el 1855 entra en servei el ferrocarril Gouda-Utrecht.

El 1940 va ser terraplenament el canal Nieuwehaven, al qual van seguir més després de la Segona Guerra Mundial. El 1944 l'estació de tren va ser destruïda per un bombardeig aliat. El 1977 es va traslladar el mercat de bestiar porcí, el més gran dels Països Baixos, a terrenys fora de la ciutat.