L'estació fou edificada a principis del segle xx al mateix indret on va existir el Convent de São Bento de Ave Maria, habitat per monges benedictines, que datava del segle xvi i del qual en prengué el nom. Amb l'extinció dels ordes religiosos, el convent quedà deshabitat el 1892. La demolició dels claustres s'inicià el 1894 i la de l'església el 1900. Fou en aquest any que el rei Carles I posa la primera pedra de l'edifici. El 4 de febrer del 1888 fou nomenada una comissió per tractar de les expropiacions necessàries per a la construcció de la connexió ferroviària de l'Estació de São Bento a la ja existent Estació do Pinheiro (antic nom de l'actual Estació de Campanhã).[1]

L'abril del 1902 ja s'havien iniciat les obres dels murs de suport al Carrer do Loureiro, al costat sud de l'estació.[2]

Malgrat que el primer tren arribà el dia 7 de novembre del 1896, l'Estació de São Bento no fou inaugurada fins al 1916, després de l'obertura del pont de Dona Maria Pia. L'edifici –una de les empreses artístiques portuenques més notables, que marcà l'inici del segle XX- és de l'arquitecte José Marques da Silva i el seu vestíbul està revestit amb vint mil rajoles historiades del pintor Jorge Colaço.