Hi ha divisió d'opinions sobre el seu origen. La tendència actual és a considerar-los nadius del territori que ocupen, i que ja ocupaven en època clàssica sent esmentats per Claudi Ptolemeu amb diversos noms que correspondrien a les tribus Geyne, Tabin, Buruc i Suvin. En un moment indeterminat abans del segle xiii havien esdevingut turcs. El seu nom català baixkir es coneix també com bashkurt, bashkir, bashdjirt i bashkort entre altres variacions.

El seu nom apareix al segle ix. Al-Istakhri diu que ocupaven una regió boscosa de difícil accés. Al-Biruni anomena les muntanyes de l'Ural com muntanyes dels bashkurt o bashdjirt. Ibn Fadlan va estudiar aquest poble (922) i en descriu els costums. Al-Idrisi també en fa referència però part de les seves indicacions segurament correspondrien als magiars, ja que les fonts àrabs anomenaven a aquests "bashkurts de l'exterior" i als bashkurts propis "bashkurts de l'interior"; els bashkurts del Ural estaven dividits al seu torn en interiors i exteriors.

Vers el segle xi i segle xii es van fer musulmans influïts pels Búlgars del Volga. Al segle xii les tribus Yurmati i Yenei dels bashkurts es van integrar als magiars i en territori magiar a Europa hi havia 78 viles dels bashkurts, que eren musulmans. Al segle xiii van quedar sotmesos a l'Horda d'Or. Alguns van servir també amb els Il-kans i un amir bashkurt va reprimir la revolta de Sukamish a l'Àsia Menor sota Ghazan Khan, i Sarkan Bashkurt fou lloctinent d'Oldjeitu; fins i tot apareixen bashkurts servint a Egipte amb els mamelucs (com Alam al-Din al-Bashkurdi que fou delegat de Qalàwun a Síria).

El 1327 Shams al-Din al-Dimashki els assimila als cumans. Al segle xv els kazakhs i nogais els coneixien com isteks del que va derivar el nom otomà Heshdek. Al començament del segle xvi el nord i est dels seus territoris estava sota domini dels kans Tura (Shiban), alguns territoris estaven sota domini de Sahib Ghiray de Kazan i els nogai dominaven el sud. Dos kans nogai, Ismail Urus Mirza i el seu nebot Ishtirek Mirza van governar als bashkurt del sud de l'Ural, en nom dels kučúmides (els caps elegits pels bashkurts) fins al 1608. Ismail Urus Mirza va demanar al sultà otomà Solimà I d'annexionar el baix Volga; després va enviar ambaixadors a Ivan IV, ja que els russos havien ocupat Kazan i Astracan i havien fundat fortaleses a Samara, Yayitya i Ufa i estaven cobrant impostos als bashkurts, i reclamava que aquests impostos li corresponien.

Els russos van fer algunes concessions però van seguir estenent la seva influència: el 1629 tenien 800 famílies bashkurt sota domini i el 1700 ja eren 7100. Sota els russos es va organitzar la província i es van regularitzar les classes socials: els mirzas o aristocràcia mongola i tàrtara (rus kniaz), el biys i els tarkhans que eren caps de tribus, els asabes (àrb asaba, rus votčinnik) que tenien petits feus hereditaris i servien a l'exèrcit, els yasaliks (camperols que servien a l'exèrcit), els tipters (camperols), els bobils (camperols sense terra), i els tasnaks (nòmades adscrits a una vila); el centre militar de la província estava al territori de la tribu Yurmati.

Els bashkurt van resistir amb tots els seus mitjans a l'annexió i les revoltes foren freqüents, generalment liderades pels kučúmides, i d'acord amb altres moviments a Ucraïna i Nord del Caucas, o atacs dels tàrtars de Crimea, els calmucs i els otomans. Els bashkurts eren hàbils fabricant armament que van facilitar als karakalpaks i als kazakhs i el 1675 els russos van emetre un decret que prohibia al poble treballar el ferro, però el decret no fou obeït. El 1667 Ewliya Celebi va visitar als bashkurts que estaven governats pel kučúmida Kučuk Sultan, amb seu entre Terek i Astracan. A la revolta del 1678, van destruir nombrosos establiments russos a la vora del Volga i del Kama, al mateix temps que els otomans obtenien la victòria de Čegerin a Ucraïna meridional. Els russos van crear colònies molt nombroses de russos a la zona de l'Ural i van aconseguir deixar en minoria als bashkurts. El kan calmuc Ayuke Khan va matar a Kučuk Sultan i la lluita fou continuada per dos dels seus fills, Murad Sultan i Khuzey (Ibrahim) Sultan.

Els bashkurts es van revoltar durant la guerra de Pere el Gran contra els suecs i Murad Sultan va demanar ajut al kan de Crimea i a l'Imperi Otomà (va viatjar a Crimea i Istanbul) a més dels nogais i els cosacs del Don. Però els otomans no els van donar suport. El 1708, juntament amb els circassians i als nogais del Kuban va intentar conquerir la fortalesa de Terek però fou ferit en l'assalt i fet presoner, sent executat. El 1716, sota el kan Ahmad III, tornaven a estar revoltats aliats als karakalpaks i als kazakhs i van atacar Terek en revenja per la mort de Murad, massacrant 40000 russos. Van rebre el suport dels kazakhs passant a la sobirania del kan kazakh Tobirčik Kayip Khan que tenia capital a Taixkent. La revolta va durar 17 anys i va esgotar als bashkurt; el 1728 van enviar una delegació a Sant Petersburg i es va signar la pau.

El 1735 es van tornar a revoltar dirigits per Kilmek Abiz i Kusum Akay en protesta per l'intent rus d'aïllar als bashkurts dels karakalpaks i els kazaks; aquesta fou la revolta més sagnant de totes i es va acabar el 1736 amb la captura dels dos caps que foren portats a Sant Petersburg i executats, però la revolta es va reprendre el 1737 sota la direcció de dos biys de la tribu Kavakan, Pepene i Tungevur Kosep amb el suport del kan dels kazakhs. Els rebels van proclamar kan dels bashkurts a Dodja Ahmad Sultan, fill d'Abu l-Khayr, kan dels kazakhs. La revolta només va poder ser reprimida temporalment després de patir els russos fortes pèrdues (1738), i el 1740 es va reprendre sota la direcció de Karasakal, nom sota els que s'amagava Baybulat, el darrer dels kučúmides, que amb el suport del kan de Crimea havia iniciat activitats al territori dos anys abans. El 1742 fou derrotat finalment i es va refugiar entre els kazakhs ortayuz i el kan Barak Khan li va donar asil. Encara es va produir un nou aixecament el 1755 i un altre el 1774.

El 1798 Catalina II de Rússia, en un gest de reconciliació, va dividir la província de Bashkurt en dotze cantons un per cada tribu, segons les tradicions locals i va crear regiments bashkurts armats tradicionalment i vestits a la manera nacional bashkurt; aquests regiments van participar en les guerres napoleòniques i van arribar fins a París.

El 1861 foren suprimits els cantons i el 1862 els regiments bashkurts. El 1872 els baixkirs van rebre la ciutadania russa però van conservar la seva pròpia legislació administrativa i de propietat.

Van participar activament a la revolució de 1905. El 1917 aplicant una resolució del Primer Congrés General dels Musulmans de Rússia (1 a 10 de maig de 1917) que reclamava l'autonomia de les regions turques, els bashkurts (baixkirs), tàrtars i txuvatxos van establir un comitè de tres membres per organitzar la seva província (Zeki Velidi, Sad Miras i Allah Berdi Djafer). El juliol es va fer un segon congrés (Milli Kuraltay) a Kazan on ja es va utilitzar per primera vegada la bandera que pretenia representar a aquests pobles. Units a kazakhs, kirguizos, uzbeks i altres pobles van crear un exèrcit (tardor) i el 3 de desembre de 1917 es va establir un govern provisional musulmà autònom a Orenburg dirigit per Bikbavoghlu Yunus. L'estat fou anomenat Idel-Ural i el mateix dia va adoptar la seva bandera nacional. El 24 de gener de 1918 Idel-Ural es va proclamar independent.

El març de 1918 els bolxevics es van revoltar a Orenburg i van prendre el poder. Van empresonar als membres del govern musulmà a Orenburg, però aquests es van poder escapar. La facció contrària als bolxevics del Segon Congrés General Musulmà de Totes les Rússies va proclamar llavors als territoris a l'est de Kazan, més enllà del riu Bulak, l'anomenada República de Tsabulatxnaia (març de 1918) o República de Transbulak, que es donava a si mateixa el nom de Baixkurtistan, i tenia seu a Biste (rus Tsabulatxnaia), prop de Kazan. El nou govern va organitzar l'exèrcit sota la direcció del general Ixbulatov, que va iniciar operacions el juny de 1918. Els kazakhs s'hi van unir i Orenburg fou recuperada. La república va demanar ajut als aliats i al general blanc Koltxak, però els aliats, preocupats per la presència alemanya a Ucraïna i el Caucas, no estaven interessats en més autonomies, a les que tampoc era favorable Kolchak, el qual va anunciar que el seu govern de totes les Rússies, que acabava de formar a Sibèria assolint la dictadura el dia 18 de novembre, no reconeixeria aquesta autonomia (21 de novembre de 1918) tot i que ja els imperis centrals havien entrat en col·lapse, i encara Kolchak va declarar abolida l'autonomia bashkurt (baixkir). Així aquests foren abocats a les mans dels bolxevics.

El 19 de febrer de 1919 el govern anomenat del Bashkortostan o Bashkurtistan va signar un tractat amb els soviètics que es van comprometre a protegir el seu exèrcit (ara dirigit per Validov) i la seva autonomia. El 22 de març de 1919 es va constituir la República Soviètica Tàrtar-Baixkir que comprenia la província d'Ufa, i part de les províncies d'Orenburg, Perm, Kazan, Viatka, Simbirsk i Samara i la capital era Sterlitamak. L'exèrcit roig va entrar en l'antic territori de la República Zabulachnaya el 20 de març de 1919. Va adoptar la seva bandera nacional (vermella amb fals i martell grocs al cantó damunt de les quals una estrella vermella dins un disc groc) probablement el dia 21 de març de 1919. El primer ministre fou Yumuloghlu i després Z. V. Togan (àlies Validov).

L'abril de 1919 Kolchak va envair la República i la va ocupar parcialment, fugint el govern a Saransk. El juny en la contraofensiva dels bolxevics, van ocupar Ufa i van derrotar a Kolchak prop d'Iekaterinburg. L'agost la Legió txecoslovaca va arribar a Kazan i la va ocupar però en foren expulsats el setembre. A la tardor els bolxevics amb l'ajut de tàrtars i baixkirs havien recuperat tot el territori perdut.

Els esforços per unir a bashkurts i kazaks foren avortats pels soviètics i es va crear més al sud la República Socialista Soviètica Autònoma de Kirguízia (Kazak) (1920) amb capital a Orenburg. El 27 de maig de 1920 es va crear la República Socialista Soviètica Autònoma de Tartària (incloent-hi Txuvàtxia), separada de Baixkíria o Bashkortostan. La nova república dels bashkurts fou coneguda com a Petit Bashkortostan o Bashkurdistan, i tenia una superfície de 84.874 km² i una població d'1.259.000 habitants, dels quals al tomb del 70%, eren turcs

El juny de 1920 Validov, i altres membres del govern, per por de ser eliminats pels bolxevics, van fugir del país junt amb altres personalitats destacades, i més tard es van unir als basmatxis del Turquestan. Llavors es va formar a la nova capital Sterlitamak un govern d'estricta obediència bolxevic i l'exèrcit fou dissolt. El 18 d'octubre de 1921 Tartària i Txuvàtxia van ser dividides en dues repúbliques separades.

El 14 de juny de 1922 els soviètics van reunir el Petit Bashkortostan i la província d'Ufa (de majoria russa) per formar l'anomenat Gran Bashkortostan o Gran Baixkíria (oficialment República Socialista Soviètica Autònoma dels Baixkirs). Ufa fou la nova capital. Poc després va adoptar la bandera, vermella amb les inicials daurades al cantó. La superfície segons dades del 1935 era de 151.840 km² i la població de 2.975.000 habitants (51% de turcs).

Amb l'arribada de la perestroika començaren les primeres demandes nacionals dels baixkirs, que de seguida reberen el suport del Mufti de la Regió Eurosiberiana resident a Ufa, Talgat Tadjuddin. Aquest, però, passaria a ser mufti dels tàtars, i des del 1992 Muhammed Nigmatulin serà el mufti dels baixkirs.

El 17 de juny del 1991 adoptà el nom de Bashqortostan i decidí de signar per separat de Rússia el tractat de la Unió, cosa que provoca disturbis estudiantils a Ufa el 15 de novembre, amb 5 ferits.

El 25 d'abril del 1993 introduí una cinquena pregunta en el referèndum de la nova constitució russa, referent a la independència econòmica. Mortazà Rakhímov (1934), el president baixkir, Mikhaïl Zàitsev, cap de l'assemblea, Rim Bakíev, primer ministre i Marad Abuzarov, portaveu presidencial, acusaren Ieltsin de violar els tractats federals i decidiren entregar al pressupost federal només el 10% del que entregaven fins ara. Marat Mirgaziamov (1942) fou nomenat cap del consell de ministres amb l'encàrrec de dur a terme reformes econòmiques.

El resultat del referèndum a Baixkortostan fou d'un 63,2% a favor de la independència econòmica, d'un 34,7% a favor de Borís Ieltsin i un 54,1% en contra. Poc després, el mufti d'Ufa i Murad Zarguixiev, vicepresident del comitè de Llibertat de Consciència del Parlament Baixkir, denunciaren la preeminència de la religió ortodoxa en la política russa, però alhora rebutjaren l'integrisme islàmic. Alguns activistes baixkirs proposaren la creació d'una Confederació del Volga amb Tatarstan i unir-se al Kazakhstan. El govern baixkir, però, advocà per l'adopció d'un règim tributari unificat i l'exigència d'un estatut especial, similar al de Tatarstan. Amb els tàtars també signaren un conveni de cooperació tot oferint-los el petroli que els manca a canvi d'excedents agrícoles.