Estàtua de Buda a Bāmīān abans i després de la seua destrucció pels talibans el 21 de març de 2001.

Durant l'antiguitat, el territori de l'actual Afganistan formà part de l'imperi Persa aquemènida (500-330 aC), que es constituí en diverses satrapies (Bactriana, Drangiana, Aracòsia i Ària). Entre el 330 aC i el 327 aC Alexandre el Gran establí, per conquesta, la part oriental de seu l'imperi en aquesta regió. Aquest territoris pertanyeren posteriorment al regne selèucida, al regne grec de Bactriana, i en part, a l'imperi indi d'Asoka, als escites ósaka, al regne Kuixan, als perses sassànides, als huns kidarites i heftalites, i tornà a estar sota el domini sassànida fins a la conquesta aràbiga (Herat fou conquerida pels àrabs l'any 651). La incorporació a l'islam, però, fou lenta i tardana. Es produí des de Sistan, a Ghazni i Kabul. L'Afganistan, al costat del Panjab, va constituir el centre de l'Estat iranoislàmic entre 997-1187. Es construïren importants mesquites i palaus fortificats. Sota la dinastia gaznèvida, els gúrides (al voltant del 1200), la dinastia dels Kart (època mongola, segles xiii i xiv) i la cort de Husayn Bayqara (1469-1506).

 Plat de fang amb esmalt transparent trobat a la vall de Bāmīān (circa segles xii-xiii)

Sota els safàvides, a partir de 1502, el país adoptà el xiisme, mentre una gran majoria de població es mantenia sunnita. La ruptura amb Pèrsia es feia evident. En els segles xvi i xvii, l'Afganistan fou dividit entre l'imperi mogol i Pèrsia. L'afganès Nadir (1736-47), després de la derrota dels safàvides, annexionà Pèrsia, unió que perdurà fins al seu assassinat. El 1747 Ahmad Shah Durrani fou escollit emir, i fins al moment de la seva mort l'any 1773 va dominar el Panjab i Delhi, territoris que els seus successors no van poder mantenir. L'Afganistan, però, es mantingué com Estat i, de fet, el seu nom prové d'aquesta època.

Les tensions anglorusses fan presència a la zona al tombant del segle xix, i a partir del 1837 s'inicià la influència britànica sobre el país. Finalment, Rússia i Anglaterra garantiren la independència de l'Afganistan l'any 1907, fet que no es va consolidar fins al 19 d'agost del 1919, un cop acabada la Tercera Guerra Angloafganesa. El país va ser neutral durant la Segona guerra mundial, i l'any 1946 es va establir, al llarg del riu Amudarià, la frontera amb la Unió Soviètica. L'intent de crear un Pakhtunistan (unió de les poblacions de llengua paitxu de l'est de l'Afganistan i les de l'oest del Pakistan) va portar a la ruptura diplomàtica entre els dos països (1961-1963).

L'any 1973, un cop d'Estat posà fi a la monarquia: Sardar Muhammad Daud Khan proclamà la República i va assumir el govern. L'any 1978, un nou cop d'Estat va dur al poder Abdbul Qadir. El mateix any, Nur Muhammad Taraki, d'ideologia comunista, fou nomenat cap d'Estat per part del consell revolucionari de les forces armades i va augmentar la dependència del país envers l'URSS. Aquest fet li va suposar una confrontació oberta amb les guerrilles nacionalistes tradicionals (i doncs islàmiques), els mujahidins. El 1979, Hafizulla Amin (de la facció Khalq i primer ministre) enderrocà Taraki. La Unió Soviètica decidí intervenir per a donar suport al govern, eliminà Amin i afavorí Babrak Karmal, de la facció Parcham. La presència soviètica va fer que s'intensifiqués la lluita entre el govern i la guerrilla musulmana, i va fer exiliar molta població al Pakistan. El 1986 Karmal fou substituït per Muhammad Najibullah. L'any 1988, el desgast dels soviètics va propiciar els acords de Ginebra entre l'Afganistan, el Pakistan i l'URSS, en els quals es va determinar que les tropes soviètiques es retiressin del país.

Després de l'expulsió dels soviètics la guerra civil va reprendre entre els partidaris de Burhanuddin Rabbani (el president) i Ahmad Shah Massud, (ministre de defensa) i les faccions fidels a Gulbuddin Hekmatiar (ocasionalment ajudat per les guerrilles del comandant Dostam). Els intents de pau negociada per part de l'ONU varen fracassar. Finalment, un tercer grup format per islamistes radicals sunnites, els taliban, dominaren dues parts del país i l'any 1996 conqueriren la capital. L'Afganistan fou sotmès a partir de llavors a una interpretació extrema de la xara, que deixava a les dones un estatus denigrant i castigava tota dissidència amb pràctiques brutals.

Després dels atemptats de l'11 de setembre de 2001, l'Afganistan fou acusat de donar refugi a Osama bin Laden, cap de la xarxa terrorista fonamentalista islàmica al-Qaida, i suposat autor dels atemptats. El desembre del 2001, les Nacions Unides autoritzaren la creació d'una coalició internacional, liderada pels nord-americans, que enderrocà el règim talibà i intentà instaurar un govern democràtic. S'iniciaren converses, sota la tutela de l'ONU, amb líders de diferents ètnies per a configurar el futur polític del país. S'anomenà al paixtu Hamed Karzai com a cap del govern provisional i es determinaren eleccions per a l'any 2004. Els talibans es convertiren en guerrilla antigovernamental dirigida pel mul·là Omar.

El gener del 2004 s'aprovà una constitució que defineix el país com una república islàmica que retorna la igualtat de drets a les dones i defensa el respecte a les minories religioses. El resultat de les eleccions donaren la victòria a Karzai, amb un 55,4% dels vots (recompte repetit diverses vegades per descomptat frau). El retorn dels refugiats del règim talibà, sobretot del Pakistan, i la desastrosa situació econòmica del país van afavorir el cultiu de l'opi i el narcotràfic, que durant el període dels talibans havia estat prohibit. La seva situació estratègica s'ha vist reforçada per la signatura d'un acord entre el Pakistan, l'Afganistan i el Turkmenistan l'any 2002 per a la construcció d'un oleoducte que recorreria aquests tres països. El 2008, però, ni els esforços de la força multinacional ni les tímides accions del govern de Karzai han aconseguit estabilitzar el país, sotmès des del mateix moment de la conquesta a una situació de guerra constant. Seguint el final de la retirada de les tropes dels Estats Units del país a inicis de 2021, els talibans van prendre la iniciativa i van iniciar una gran ofensiva que va culminar el 15 d'agost de 2021 amb la rendició de Kabul (així com totes les grans ciutats) als militants, la fugida del president Ashraf Ghani[1] i la declaració per part del talibans del final de la guerra i el restabliment de l'Emirat Islàmic de l'Afganistan, tot i que encara queden zones controlades per forces governamentals.