Aquesta regió fou al centre de la revolta de Shakya al-Fatimi (768-777); a la segona meitat del segle ix va passar a la família dels Banu Dhi-n-Nun (Dhu l-Núnides) de Santaver. El 908 la regió fou dividida entre tres fills de Musa. Es desconeix exactament l'origen històric de la ciutat, en el seu actual emplaçament, però en el segle ix hi havia una fortalesa denominada Kunka (Cuenca), construïda pels àrabs.

Poc abans de la caiguda del califa, vers el 1011 o 1016, la família es va fer independent i en una data incerta entre 1023 i 1035 es va apoderar de Toledo (Tolaitola). Ismaïl ibn Dhi-n-Nun, emir a Santaver juntament amb Abd al-Rahman al-Midras ibn Dhi l-Nun (vers 1011/1016-1023), administrà la zona sol a partir del 1023 i poc després va governar a Toledo (vers 1029?).

A mitjan segle xi, apareix com a valí de Kunka Ibn al-Faradj, per compte dels Dhu l-Núnides, i es va distingir per les seves accions de guerra. Yahya ibn Ismail al-Mamun, que va pujar al tron el 1043, va comprar la seva tranquil·litat mitjançant el pagament de paries a Ferran I de Castella. Quan al-Mamun de València fou atacat pels castellans, va preferir demanar auxili als toledans abans que acceptar el control cristià, però Yahya ibn Ismail al-Mamun només es va limitar a deposar al amírida valencià i a unir ambdós regnes el 1064, amb la permissivitat de Ferran I. Amb el seu suport, va poder entrar a Còrdova el 1075, poc abans de la seva mort. Yahya I es va convertir, així, en el rei més important dels Dhu l-Núnides, que dominà Còrdova i Balansiya.

El mateix 1075 va ser enverinat a Còrdova, assumint el tron el seu net Yahya Al-Qadir, que el 1075 va fer enverinar al wazir Ibn al-Hadidi (el principal actiu de la dinastia) i es va considerar prou fort en els seus dominis de Toledo—Còrdova—València com per a prescindir de l'aliança del rei lleonès, expulsant de Toledo als partidaris de la col·laboració—submissió amb els cristians; però aquests van provocar una revolta a València, que es va declarar independent sota el comandament d'al-Aziz, i la taifa de Toledo, sense el suport de Castella i Lleó, va perdre les terres cordoveses el 1077, així com les províncies del sud de la regió, i va veure's atacat per l'emir aftàsida al-Mutawàkkil ibn al-Aftas de Badajoz. Així al-Qadir es va veure forçat a demanar novament ajuda castellana i amb ella es va alienar el suport d'una gran part de la població: d'una banda estaven els musulmans, que eren partidaris d'una ruptura de l'aliança amb Castella i Lleó, i un acostament als altres regnes musulmans, i per un altre, els mossàrabs i jueus, partidaris de l'aliança amb Castella i, fins i tot de l'annexió. Quan al-Mutawakki de Badajoz va entrar en la ciutat el 1079/1080, al-Qadir es va refugiar a Conca. Va recuperar el tron l'any següent, ja que Alfons VI va ajudar-lo a recuperar les terres toledanes i valencianes en canvi de què València fos per a Al-Qadir i Toledo per a Alfons.

Després de l'ocupació castellana de Toledo el 1085, Kunka va passar a Castella com a part de la "dot de la mora Zaida". Es creu que de moment l'estructura de Kunka no va variar i que es va limitar a pagar un tribut conservant la població musulmana. El 1097 un exèrcit castellà manat per Àlvar Núñez, vigilava Kunka quan els almoràvits manats per Muhammad ibn Aixa van fer una ràtzia a la regió. El 1108 els almoràvits van entrar a Kunka després de la victòria d'Uclés. El 1137 la població es va revoltar contra la guarnició i foren massacrats per orde de Taixfín ibn Ali.

Al-Udhri (segle xi) l'esmenta com una de les 20 estacions de la ruta Saragossa-Còrdova. Al-Idrissí al segle xii la descriu com una petita i antiga vila rodejada de muralles i sense ravals, i diu que era una cura.[1] El 1172 en va fer una descripció Ibn Sahib al-Salat. Yakut (segle xiii) la fa part de l'amal de Santaver. Al-Umari que escrivia al segle xiv, l'esmenta com la XI província de l'Àndalus, incloent les viles d'Oriola, Conca, Elx, Dénia i nombrosos castells.

Ibn Mardanix va cedir terres als cristians a la rodalia de Kunka però els colons es van retirar davant l'almohade Abu Yakub que el 1172 hi va entrar i la va trobar en una forta decadència. amb només 700 habitants. Alfons VIII de Castella la va assetjar el 1177 i els almohades van capitular al cap de set mesos, el 21 de setembre de 1177, operació coneguda com la conquesta de Conca, sent agregada a Castella.[2] Abu Yakub va intentar reconquerir-la el 1194 i va cremar les collites de la zona però no se'n va sortir. Les terres de Conca foren concedides en part als ordes militars de Calatrava i de Santiago i la població es va organitzar en "consejo", si bé van subsistir algunes estructures anteriors com el càrrec de mostassaf (mutahsib). Els furs van donar facilitats comercials als mudèjars; el segon bisbe fou un mossàrab toldeà, sant Julià. Fins al segle xv va subsistir una mesquita al costat del monestir de Nostra Senyora de la Contemplació. Alfons X de Castella li va concedir el títol de ciutat.

Patí el pillatge de les tropes franceses durant la Guerra del Francès, així com dels carlins el 1874.[3] Entre els monuments de Conca destaca la Catedral, monument nacional d'estil gòtic anglonormand, exemplar únic a Espanya.