Əsas məqalə: Başqırdıstan tarixi

Bugünkü Başqırdıstan ərazisinə ilk yerləşim erkən Paleolit dövründən başlamışdır, amma xüsusiylə Tunc dövründə əhalinin sayı artmışdır. Onların ilk sabit yerləşim yer kimi cənubi Ural dağları sayılır. Başqırdıstan sözünün mənşəyi buranın yerli xalqı olan Başqırdlardan gəlir. Ölkənin rusca adı olan "Başkıriya" adı XVI əsrin sonlarında verilmişdir.

Başqır adına ilk dəfə VII əsrdə rast gəlinmişdir. X əsrdə Əl-Bəlkinin Başqırdlar haqqında yazdığına əsasən onlar iki yerə bölünürdü: bir qismi cənubi Uralda, digər qismi isə Bizans sərhədlərinə yaxın - Dənubə çayının sahillərində yaşayırdılar. Onunla eyni dövürdə yaşamış İbn Rüstənin təsfirinə görə isə Başqırlar Ural dağlarının hər iki tərəfində məskunlaşmış müstəqil bir xalq idi.