从1220年代起，就有僧侣在这一带的岩洞中居住和隐修。到13世纪，保加利亚Joachim在岩壁上建立了教堂和礼拜堂。当时，保加利亚第二帝国的统治者比如伊凡·阿森二世和伊凡·亚历山大经常向岩洞教堂群提供捐赠。在伊凡·阿森二世统治时期，僧侣吉奥齐诺担任大祭司，他和伊凡·阿森二世一起制定了一个扩建保加利亚教堂的计划。吉奥齐诺之前就曾在伊凡诺沃附近隐修，于是极力促成了伊凡诺沃岩洞教堂的建设。14世纪时，这里已经成为保加利亚地区静修的中心。岩洞教堂群一直繁荣到奥斯曼帝国统治保加利亚的时期，之后就逐渐衰落了。

伊凡诺沃岩洞教堂群在巅峰时期达到了大概40座，大大小小的岩洞教堂由长廊和木拱廊连结在一起，还有大约300座的周边建筑，后来由于山体滑坡和塌方，长廊和拱廊遭到破坏，周边建筑也已经不存。现在保存较好的岩洞教堂有圣米迦勒教堂（“被掩埋的教堂”），洗礼堂, 和the Gospodev Dol Chapel，圣西奥多教堂（“被摧毁的教堂”）和主教堂。20世纪初期，伊凡诺沃岩洞教堂的岩壁发生过倒塌，这引起了文物保护人员的注意，他们把圣米迦勒教堂和圣都铎教堂中的壁画移到别的地方妥善保护起来。1965年起，保加利亚立法以更好的保护伊凡诺沃岩洞教堂。