传说西敏寺在東撒克遜王國國王賽伯赫特（Sæberht of Essex（英语：Sæberht of Essex））时期就已建成在泰晤士河中的一个小岛上。1045年至1065年间依忏悔者爱德华的命令重建，萨克逊王曾发誓要去朝圣，却没有信守诺言，教宗叫爱德华重建西敏寺赎罪。西敏寺最早是为本笃会教士而建的，于1065年12月28日完成。

1245－1517年间西敏寺再次重建，第一阶段的重建由亨利三世组织，但大部分的工作是在理查三世时期由建筑师亨利·耶维尔（Henry Yevele）完成。1503年亨利七世增建一座礼拜堂。

亨利八世与罗马教廷断绝关系后，1534年西敏寺修院也被国王控制，并在1540年关闭。这段时期内原本给西敏寺的拨款都全部被转移给聖保羅座堂。在女王玛丽一世统治时期西敏寺曾短暂重开，但在1559年，伊丽莎白一世再次关闭。

1579年，伊丽莎白一世重开西敏寺，但规定由王室直接管理，並把建制從修道院改爲法政牧師團，从此改由主任牧師（dean）管理西敏寺，且由国王任命。直到19世纪，西敏寺是除牛津和剑桥以外英國最重要的學術重鎮。钦定版圣经旧约的前三分之一和新约后二分之一就是在此翻译成英文。