卡尔莫修道院由国王若昂一世的将军佩雷拉建立于1389年，1392年起属于加尔默罗会。将军在决定性的阿勒祖巴洛特战役（1385年）中指挥葡萄牙军队战胜卡斯蒂利亚军队，保证了葡萄牙的独立。1423年，将军本人亦在修院出家修道。

1755年11月1日，1755年里斯本大地震摧毁了大部分修院。5000册图书全部丢失。修道院改造成为军事区。教堂没有重建，于1864年捐赠给葡萄牙的考古学会，变成一个博物馆。

在20世纪，康乃馨革命期间，卡尔莫总部是馬爾塞洛·達斯內維斯·阿爾維斯·卡丹奴和忠于他的军队的最后堡垒。老卡尔莫修道院建筑现在由市政卫队使用。