凤凰县自古以来一直是少数民族的聚居之地，历史悠久。这些少数民族中苗族为当地民族，土家族多作为屯兵迁入。《凤凰厅志》记载，夏、商、殷、周以前，这里即为“武山苗蛮”之地。

战国时期，属楚疆域。秦昭王三十年（公元前277年）建黔中郡。秦王政统一后，把其所辖的广大地域划分为36郡，凤凰所在的黔中郡即为其一。 汉高祖五年（公元前202年）更黔中郡为武陵郡，后几经变革，西汉期间凤凰域归辰阳县辖，西晋归镡成县，东晋改归舞阳县，但一直属武陵郡管辖。 隋改辰阳为辰溪 唐为渭阳县及诏谕县地 《元和郡县志》记载，唐垂拱二年（686年）“在坡山西址设渭阳县”，并载“山甚高，百姓食坡山溪水”。坡山即指凤凰山，坡山西设县城，据考，古县城址就是今黄丝桥古城。古渭阳县址属锦州卢阳郡。 元时，统治者为了稳固政权，在渭阳境内设五寨司，五寨长官司驻镇筸（今凤凰县城）。 明隆庆三年（公元1569 年），在凤凰山设凤凰营，正德八年（1513年）设镇筸守备。明嘉靖三十三年（1554年）移麻阳参将驻镇筸城。 清顺治三年（公元1646年）设协副镇筸将，康熙三十九年（公元1700年）升协为镇，镇筸成为清朝全国六十二镇之一。康熙四十三年（公元1704年）废土司，置凤凰营于今县城，移辰沅靖道驻镇筸。成为全国八十九道之一；雍正七年（公元1729年），于湘西北设永顺府，辰沅靖道改为辰沅永靖兵备道，镇、道员均住凤凰、治辖范围覆盖整个大湘西二十余州县厅，据载，为全国八大兵备道之一。清乾隆五十三年（公元1791年）改凤凰营为厅（散厅），升通判为同知；嘉庆二年（公元1797年） 升散厅为直隶厅。 民国二年（1913年）改厅为县，称凤凰县，相沿至今。 西元2001年获中华人民共和国国务院特批，成为国家历史文化名城之一。 2007年8月13日下午，北京时间16时45分许，凤凰县在建的沱江大桥突然坍塌。此次事故中，64人遇难。 2020年中国南方水灾期间，6月29日下午开始，凤凰县境内突然降暴雨，自16点30分至20时，县城降雨量达112.5毫米。在凤凰县城区，部分低洼地带出现积水，部分区域甚至发生内涝。到深夜，沱江凤凰古城河段两岸的河畔景观道路部分被汹涌的洪水淹没，难以行走[1]。^ 凤凰古城突降暴雨河水猛涨，河畔景观道路部分被洪水淹没. [2020-07-26]. （原始内容存档于2020-07-20）.