Lịch sử Thời sơ khai  Samarkand, được khắc họa bởi Richard-Karl Karlovitch Zommer Chiến thắng khắc họa bởi Vasily Vereshchagin, mô tả khu vực Sher-Dor Madrasa ở Registan.

Cùng với Bukhara, Samarkand là một trong những thành phố cổ nhất ở Trung Á, phát triển từ vị trí của nó trên tuyến đường thương mại giữa Trung Quốc và các nước phương Tây (Con đường tơ lụa).

Các cuộc khai quật khảo cổ được tổ chức trong giới hạn thành phố (Syob và Midtown) cũng như các khu vực ngoại thành (Hojamazgil, Sazag'on) đã tìm ra những bằng chứng từ 40000 năm trước về hoạt động của con người, có từ thời kỳ đồ đá cũ. Một số dấu tích của thời kỳ đồ đá mới (thiên niên kỷ 12 - 7 TCN) đã được phát hiện tại Sazag'on-1, Zamichatosh và Okhalik (vùng ngoại ô của thành phố). Các con kênh Syob và Darg'om, nguồn nước chính của thành phố và vùng ngoại ô, xuất hiện từ khoảng thế kỷ thứ 7 đến thế kỷ thứ 5 trước Công nguyên (thời kỳ đồ sắt sớm). Không có bằng chứng cụ thể thời điểm Samarkand được thành lập. Các nhà nghiên cứu của Viện Khảo cổ học Samarkand vẫn đang tranh cãi về sự tồn tại của thành phố, ước tính phổ biến là từ giữa thế kỷ thứ 8 và thứ 7 trước Công nguyên.

Samarkand là một trong những trung tâm chính của nền văn minh Sogdiana từ những ngày đầu thành lập. Vào thời triều đại nhà Achaemenes của Ba Tư, nó đã trở thành thủ đô của Sogdiana.

Thời Hellenistic

Alexander Đại đế chinh phục Samarkand vào năm 329 TCN. Thành phố này được người Hy Lạp gọi là Maracanda. Các nguồn văn bản cung cấp những manh mối nhỏ cho hệ thống chính quyền tiếp theo. Họ kể về một người Orepius đã trở thành người cai trị "không phải từ tổ tiên, mà là một món quà của Alexander".

Sau khi Samarkand bị thiệt hại đáng kể trong cuộc xâm lược ban đầu của Alexander, thành phố đã phục hồi nhanh chóng và phát triển mạnh dưới ảnh hưởng Hellenic mới. Cũng có những kỹ thuật xây dựng mới lớn; gạch hình chữ nhật được thay thế bằng hình vuông và các phương pháp cao cấp của khối xây và trát được giới thiệu.

Cuộc chinh phục của Alexander quảng bá văn hóa Hy Lạp cổ đại vào Trung Á; trong một thời gian, thẩm mỹ Hy Lạp ảnh hưởng nặng nề đến các nghệ nhân địa phương. Di sản Hy Lạp này tiếp tục khi thành phố trở thành một phần của các quốc gia kế thừa khác nhau trong nhiều thế kỷ sau cái chết của Alexander, bao gồm vương quốc Seleukos, vương quốc Hy Lạp-Bactria và đế quốc Quý Sương (mặc dù bản thân Nguyệt Chi có nguồn gốc ở Trung Á). Sau khi nhà nước Quý Sương mất quyền kiểm soát Sogdia, trong thế kỷ thứ 3 sau Công Nguyên, Samarkand bắt đầu suy tàn và đánh mất vị thế trung tâm kinh tế, văn hóa và quyền lực chính trị. Nó đã không còn hồi sinh đáng kể cho đến thế kỷ thứ 5.

Trước khi Mông Cổ đến  Khu trung tâm với nhà thờ Hồi giáo Bibi-Khanym vào những năm 1990

Samarkand đã bị nhà Sassanid của Ba Tư chinh phục vào khoảng năm 260. Dưới sự cai trị của người Sassan, vùng này trở thành một địa điểm quan trọng cho chủ nghĩa Mani giáo, và tạo điều kiện cho việc phổ biến tôn giáo khắp Trung Á.

Sau khi người Hephtalite (Hun) chinh phục Samarkand, họ kiểm soát nó cho đến Göktürk, trong một liên minh với người Sassanid mà họ đã thắng trong trận Bukhara. Người Thổ Nhĩ Kỳ cai trị Samarkand cho đến khi họ bị đánh bại bởi người Sassanid trong cuộc Chiến tranh Göktürk - Ba Tư.

Sau khi người Ả Rập chinh phục Iran, người Turk chiếm được Samarkand và giữ nó cho đến khi hãn quốc Tây Turk sụp đổ do thất bại trong cuộc chiến tranh với nhà Đường của Trung Quốc. Trong thời gian này thành phố đã bị Trung Quốc bảo hộ và phải tuế cống nhà Đường hàng năm. Quân đội của Umayyad Caliphate dưới quyền giám hộ của Qutayba chiếm được thành phố từ người Turk vào năm 710.

Trong thời gian này, Samarkand là một cộng đồng tôn giáo đa dạng và là nơi có một số tôn giáo, bao gồm Phật giáo, Hỏa giáo, Ấn Độ giáo, Do Thái giáo và Kitô giáo Nestorian. Tuy nhiên, sau khi người Ả Rập chinh phục Sogdiana, Hồi giáo trở thành tôn giáo thống trị, với phần lớn dân số đổi sang đạo này.

Truyền thuyết kể rằng trong thời gian nhà Abbas cai trị, những bí quyết về sản xuất giấy đã được truyền đạt từ hai tù nhân Trung Quốc từ trận Đát La Tư năm 751, dẫn đến nền tảng của nhà máy giấy đầu tiên của thế giới Hồi giáo ở Samarkand. Sáng chế sau đó lan truyền đến phần còn lại của thế giới Hồi giáo, và từ đó đến châu Âu.

Việc kiểm soát Samarkand của nhà Abbasid sớm tan biến và được thay thế bằng chính quyền Samanid (862–999), mặc dù người Samanid vẫn là những chư hầu danh nghĩa của Caliph trong sự kiểm soát của họ đối với Samarkand. Dưới sự cai trị của Samanid, thành phố đã trở thành một trong những kinh đô của triều đại Samanid và một mối quan hệ thậm chí còn quan trọng hơn giữa nhiều tuyến thương mại. Nước Samanid bị lật đổ bởi những người Kara-Khanid vào khoảng năm 1000. Trong vòng 200 năm tới, Samarkand bị cai trị bởi một loạt các bộ lạc Turk khác, bao gồm cả nhà Seljuk và nhà Khwarezm-Shah.

Thời Mông Cổ cai trị

Người Mông Cổ chinh phục Samarkand vào năm 1220. Mặc dù Thành Cát Tư Hãn "không làm phiền người dân của thành phố theo bất kỳ cách nào", theo Juvaini, ông đã giết tất cả những người tị nạn trong thành và trong các nhà thờ Hồi giáo, cướp phá thành phố hoàn toàn và cưỡng ép 30.000 người đàn ông trẻ cùng với 30.000 thợ thủ công. Samarkand phải chịu ít nhất một đợt cướp phá khác của Mông Cổ từ Khan Baraq để có được kho báu mà ông ta cần để trả cho một đội quân. Nơi đây vẫn là một phần của hãn quốc Sát Hợp Đài (một trong bốn vương quốc thuộc đế quốc Mông Cổ) cho đến năm 1370.

Marco Polo du ký của Marco Polo, nơi Polo ghi lại hành trình của mình dọc theo con đường tơ lụa, mô tả Samarkand là "một thành phố rất lớn và lộng lẫy..."

Khu vực Enisei có một cộng đồng những người thợ dệt có gốc gác Trung Quốc. Cả Samarkand và Ngoại Mông đều có các nghệ nhân gốc Trung Quốc mà Khâu Xứ Cơ là ví dụ rõ ràng nhất. Sau khi người Mông Cổ chinh phục Trung Á bởi Thành Cát Tư Hãn, người Mông Cổ được chọn làm giai cấp cai trị; người Trung Quốc và Qara-Khitay (Khitan) được cho đồng quản lí vườn và cánh đồng ở Samarqand, vì người Hồi giáo không được phép quản lý riêng.

Ibn Battuta đến thăm Samarkand vào năm 1333 và gọi thành phố này là "một trong những thành phố lớn nhất và tốt nhất, và hoàn hảo nhất trong số đó về vẻ đẹp". Ông cũng lưu ý các vườn cây được cung cấp nước thông qua norias (bánh xe nước).

Năm 1365, một cuộc nổi dậy chống lại sự kiểm soát của hãn quốc Sát Hợp Đài xảy ra ở Samarkand.

Thời Timurid

Vào năm 1370, người chinh phục Thiếp Mộc Nhi (Timur hay Tamerlane), người sáng lập và cai trị đế quốc Timurid, đã biến Samarkand trở thành thủ đô đế chế của ông. Tamerlane là một trong những vị hoàng đế vĩ đại nhất thế giới, người đã chinh phạt phần lớn Tây và Trung Á. Vào khoảng cuối thế kỷ 14, thời gian hùng mạnh nhất của đế chế mà ông đứng đầu, các chuyên gia lịch sử cho biết ông đã giết chết 5% dân số thế giới. Tuy nhiên, những di sản mà Tamerlane để lại cho đời sau lại rất đẹp đẽ. Cho đến ngày nay, sau 25 năm độc lập, Uzbekistan vẫn là một đất nước gây nên nhiều tranh cãi vì vị vua nổi tiếng này cùng với các công trình cổ đang được gìn giữ.

Trong 35 năm tiếp theo, ông xây dựng lại hầu hết thành phố và dân cư với các nghệ nhân và thợ thủ công giỏi từ khắp đế quốc. Timur giành được danh tiếng là người bảo trợ nghệ thuật và Samarkand đã trở thành trung tâm của vùng Transoxiana. Sự cam kết với nghệ thuật của Timur là điều rõ ràng, ông có thể tàn nhẫn với kẻ thù của mình nhưng thương xót đối với những người có khả năng nghệ thuật đặc biệt, ông cứu cuộc sống của các nghệ sĩ, thợ thủ công và kiến ​​trúc sư để ông có thể sử dụng họ trong dự án cải thiện và làm đẹp thủ đô của mình. Ông cũng trực tiếp tham gia vào các dự án xây dựng và tầm nhìn của ông thường vượt quá khả năng kỹ thuật của các công nhân. Hơn nữa, thành phố đang trong tình trạng xây dựng liên tục và Timur thường yêu cầu các tòa nhà được thực hiện và làm lại nhanh chóng nếu ông không hài lòng với kết quả. Timur đã thiết kế thành phố sao cho chỉ có thể tiếp cận bằng những con đường và cũng có thể đã ra lệnh xây dựng mương sâu và tường, để có thể trải dài năm dặm (8,0 km) trong chu vi, tách thành phố từ phần còn lại của các nước láng giềng xung quanh của nó. Trong thời gian này thành phố có dân số khoảng 150.000 người. Thời kỳ tái thiết vĩ đại này được thu thập trong các nguồn của đại sứ Henry III, Ruy Gonzalez de Clavijo, người đóng quân ở đó từ năm 1403 đến 1406. Trong thời gian ông ở lại, thành phố thường ở trạng thái xây dựng không ngừng. "Nhà thờ Hồi giáo mà Timur đã xây dựng để tưởng nhớ mẹ của vợ ông... dường như chúng tôi là người cao quý nhất trong số những người đến thăm thành phố Samarkand, nhưng không sớm hoàn thành hơn vì ông ta bắt đầu tìm lỗi với cổng vào, mà bây giờ ông ta nói là quá thấp và phải được hạ xuống. "

Từ năm 1424 đến năm 1429, nhà thiên văn học vĩ đại Ulugh Beg đã xây dựng Đài thiên văn Samarkand. Kính lục phân dài 11 mét và một lần vươn lên đỉnh của cấu trúc ba tầng xung quanh, mặc dù nó được giữ dưới lòng đất để bảo vệ thành phố khỏi động đất. Hiệu chỉnh dọc theo chiều dài của nó, là góc phần tư 90 độ lớn nhất thế giới vào thời điểm đó. Tuy nhiên, đài quan sát đã bị phá hủy bởi những người cuồng tín tôn giáo quá khích năm 1449.

Hậu Timurid

Năm 1500, các chiến binh du mục người Uzbek đã chiếm quyền kiểm soát Samarkand. Vương triều Shaybanid nổi lên như những người lãnh đạo Uzbek vào khoảng thời gian này.

Trong giai đoạn 2 của thế kỷ XVI, các vua Shaybanid chuyển kinh đô của họ đến Bukhara và vai trò của Samarkand đã bị suy giảm. Sau một cuộc tấn công của Nader Shah của nhà Afsharid, thành phố bị bỏ hoang vào những năm đầu thập niên 1720.

Từ năm 1599 đến 1756, Samarkand được cai trị bởi Ashtrakhanid của hãn quốc Bukhara.

Từ năm 1756 đến 1868, Samarkand được cai trị bởi emir Manghud (Mông Cổ) của Tiểu Vương quốc Bukhara.

Sự can thiệp của Nga và chính quyền Xô viết  Samarkand năm 1890

Thành phố này nằm dưới quyền cai trị của đế quốc Nga sau khi thành trì bị chiếm bởi một lực lượng dưới quyền Đại tá Konstantin Petrovich von Kaufman năm 1868. Ngay sau đó, đồn trú nhỏ của Nga bao gồm 500 binh sĩ Nga đã bị bao vây. Cuộc tấn công, được lãnh đạo bởi Abdul Malik Tura, con trai lớn của tiểu vương quốc Bukhara, cũng như Baba Bey của Shahrisabz và Jura Bey của Kitab, bị quân Nga đẩy lùi với những tổn thất nặng nề. Alexander Abramov trở thành Thống đốc đầu tiên của quân đội Okrug, mà người Nga đã thiết lập dọc theo dòng sông Zeravshan, với Samarkand là trung tâm hành chính. Phần của thành phố kiểu Nga được xây dựng sau thời điểm này, phần lớn ở phía tây của thành phố cổ.

Năm 1886, thành phố trở thành thủ phủ của tỉnh Oblast Samarkand mới được thành lập của Turkestan thuộc Nga và tăng tầm quan trọng hơn nữa khi tuyến đường sắt xuyên Caspian đến thành phố vào năm 1888.

Thành phố trở thành thủ đô của Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết Uzbekistan năm 1925, trước khi được thay thế bởi Tashkent vào năm 1930. Trong chiến tranh thê giới thứ hai, sau khi Đức Quốc xã xâm lược Liên Xô, một số công dân của Samarqand được gửi đến vùng đất của Smolensk, để chống lại kẻ thù. Nhiều người đã bị bắt giữ hoặc bị giết bởi Đức Quốc xã. Ngoài ra, hàng nghìn người tị nạn từ các khu vực phía tây của Liên Xô bị chiếm đóng đã chạy đến thành phố và nó là một trong những trung tâm chính của những thường dân bỏ trốn ở Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Xô viết Uzbekistan và Liên bang Xô viết nói chung.