Trước thế kỷ 13, vùng đất xây nhà thờ là một khu nghĩa trang đơn sơ của làng. Năm 1278, Henry, tu viện trưởng của tu viện Xitô ở Sedlec, được vua Otakar II của Bohemia cử đến Thánh địa. Khi trở về, ngài đã mang theo mình một nhúm đất Golgotha và rắc lên nghĩa trang các tu sĩ. Lời đồn về hành động này nhanh chóng lan rộng, kể từ đó có đến hàng ngàn người dân đã đổ xô đến vùng đất này để an táng cho người thân và nghĩa trang ở Sedlec trở thành một địa điểm chôn cất mà ai cũng mơ ước trên khắp Trung Âu.

Chỉ khoảng 1 thế kỷ sau đó, vào giữa thế kỷ 14, nạn dịch hạch "Cái chết Đen" hoành hành và Chiến tranh Hussite diễn ra vào đầu thế kỷ 15 khiến số lượng người được chôn cất trong nghĩa trang của tu viện tăng vọt nên nó đã phải được mở rộng rất nhiều.[1]

Vào khoảng những năm 1400, các bộ xương ở nghĩa trang được gom lại để lấy đất cho việc xây dựng và phát triển thị trấn. Khi đó, một nhà thờ mang kiến trúc Gothic đã được xây dựng ở trung tâm của nghĩa trang với một mái vòm phía trên và một nhà nguyện phía dưới để được sử dụng như một chỗ để hài cốt cho các ngôi mộ tập thể được khai quật được trong quá trình xây dựng, hoặc đơn giản là dự kiến sẽ phá hủy để nhường chỗ cho những "cư dân" mới.

Đến giữa năm 1703 và 1710, một lối vào mới đã được xây dựng để bức tường phía trước có thể nghiêng ra ngoài và nhà nguyện phía trên cũng đã được tu sửa lại theo phong cách Baroque của Séc, được thiết kế bởi Jan Santini Aichel.

Qua thời gian, cả hầm chứa cũng đầy những ngôi mộ, không còn giống một nhà thờ thì vào năm 1870, một dòng họ có quyền thế ở địa phương là Schwartzenberg đã thuê nghệ nhân điêu khắc gỗ nổi tiếng František Rint làm công việc kỳ quái là đưa những bộ xương từ hầm chứa lên, xếp các đống xương vào trật tự tạo thành các tác phẩm điêu khắc nghệ thuật rùng rợn mà bây giờ chúng ta đã có thể chiêm ngưỡng. Chữ ký của Rint, cũng được thực hiện bằng xương, xuất hiện trên bức tường gần lối vào nhà nguyện.[2]