Ngôi chùa Huyền Không Tự được xây dựng vào thời Bắc Ngụy (386-535) dưới sự khởi xướng của nhà sư Liao Ran (了然, Liễu Nhiên) và trở thành một trong những ngôi chùa lớn nhất và đẹp nhất tại Trung Quốc. Truyền thuyết cho rằng ngôi chùa kéo dài từ năm 471 đến năm 523, với nhiều giai đoạn xây dựng và mở rộng. Tuy nhiên, không có tài liệu cụ thể nào xác nhận về thời gian xây dựng của ngôi chùa này.

Ngôi chùa Huyền Không Tự đã trải qua nhiều thăng trầm của lịch sử và cùng với đó là những lần trùng tu, bảo tàng và phục dựng. Các triều đại Đường, Nguyên, Minh và Thanh đều đã trùng tu lại ngôi chùa này nhằm bảo tồn di tích văn hoá, kiến trúc và tôn giáo. Theo các tài liệu lịch sử, vào thời Đường, Nguyên, các vị sư Phật đã tới đây để tu học và đóng góp cho sự phát triển của ngôi chùa. Tại triều Minh, một số triều đại đã tham gia xây dựng ngôi chùa này như triều Minh Thành Tổ, Minh Tuyên Tổ, Minh Thái Tổ, và Minh Túc Tổ.

Tuy nhiên, sau đó ngôi chùa đã trải qua nhiều biến động và hư hại nặng nề. Vào thời kỳ Cách mạng Văn hóa Trung Quốc, ngôi chùa này đã bị tàn phá và mất đi nhiều di tích quý giá. Đến cuối thế kỷ XIX, nhờ nỗ lực của nhiều nhà nghiên cứu văn hóa, kiến trúc và tôn giáo, ngôi chùa Huyền Không Tự đã được phục dựng lại. Lần trùng tu gần đây nhất là vào năm 1900, với sự đóng góp của nhiều nhà tài trợ và các nhà nghiên cứu. Hiện nay, ngôi chùa Huyền Không Tự là một trong những di sản văn hóa quý giá của Trung Quốc.[1]