Будівництво храму було розпочато архітектором Махатхера Тхаммаканлаян за часів короля Боромарачі I в 1374 році, а закінчено було тільки за часів правління короля Рамесуане у 1390 році. За королівства Сонгтаме головний пранг зруйнувався. Його відновили за короля Прасатхонге і тоді зробили пранг значно вище. Ват Махатхат був відремонтований знову за короля Боромакоте, коли до головного Прангу добудували чотири відкритих галереї.

Ват Махатхат був найбільшим у місті храмом, королівським святилищем.[1]

У 1767 році, коли Аюттхая була зруйнована бірманцями, цей храм був спалений[2] і з тих часів залишається в такому ж стані. Ват Махатхат був королівським монастирем і служив резиденцією глави Сангхи — Товариства буддистських ченців Камавасі з початку будівництва.