Варзуга є одним з найстаріших слов'янських поселень на Кольському півострові. Перші відомості про дану місцевість відносяться до 1466 року, коли мешканець села Тимофій Ермолинич передав Соловецькому монастирю свої угіддя (ловища та ліси) на річці Варзузі. Тоді ж пониззя річки Варзуги стали володінням Соловецького монастиря. Тут побудували монастирське подвір'я, де займалися виловом риби. У 1491 році згадується про церкву святого Миколая.

Після падіння Новгорода у 1478 році Терська земля, так називали тоді Кольський півострів, перейшла під владу Московії. село Варзуга стало повітовим, окремою адміністративною одиницею, підпорядкованою Двинському наміснику, що мав резиденцію у Холмогорах.

За описом 1563 року є докладні відомості про село. У ньому тоді мешкало 167 сімей у 124 дворах. Промислові та сільськогосподарські угіддя (луки та сінокоси) у повіті перебували в спільному володінні місцевої сільської громади, церковних (Соловецький, Ніколо-Корельський та Антонієво-Сійський монастирів), а також приватних власників.

До 1764 року в село перебувало у володінні одночасно декількох монастирів.

У часи опричнини було зруйнуване ватагою Басарге Леонтьєва. Ця подія увійшла в історію як «Басаргін правєж».

Після секуляризації церковних земель Катериною ІІ Варзуга стала вільним поселенням у Калуському повіті Архангелгородської губернії.

За радянських часів у селі створено колгосп «Сходи комунізму».

У Варзуге діє відомий поморський народний фольклорний хор.