Назва міста походить від грецького слова «траг» (козел).  Так само як назва сусіднього острова Буа походить від грецького слова «voua» (стадо великої рогатої худоби). 

Місто було засноване грецькими колоністами з острова Віс у III столітті до н. е., але швидко перетворилося на великий порт доримського періоду. Раптовий розквіт Салони позбавив Трогір його значення. Під час великого переселення слов'ян громадяни зруйнованої Салони втікали в Трогір. Із ІХ століття Трогір підкорився хорватським правителям. В ХІ столітті у місті була заснована єпархія, що проіснувала до 1828 року, а сьогодні — це частина Римо-католицької архієпископії Спліт-Макарської. В 1107 році, після приходу угорсько-хорватського короля Коломана, Трогір отримав свою автономію. 1123 року Трогір був завойований і майже повністю зруйнований мусульманами.  Проте за короткий період місто відновилося і в XII і XIII століттях навіть пережило економічне піднесення. У 1242 році угорський король Бела IV переховувався у Трогірі від татар.

У XIII і XIV століттях найчастіше обиралися герцогами Трогіра члени сім'ї Шубичів, а  Младен III (1348), згідно з написом на могильній плиті в соборі Трогіра, був одним із найвидатніших Шубичів, що правив містом. 

У 1420 році почався період довгострокового венеційського правління. Після падіння Венеції в 1797 році Трогір став частиною імперії Габсбургів, яка управляла містом до 1918 року, за винятком французької окупації з 1806 по 1814 рік. Після Першої світової війни Трогір разом з Хорватією став частиною єдиної держави словенців, хорватів і сербів, а потім Королівства Югославія.  У цей період італійські громадяни, до 1918 року правлячий клас і майже половина населення були змушені виїхати до Італії. Під час Другої світової війни Трогір був окупований Італією і згодом звільнений в 1944 році. З того часу він належав до Югославії, а з 1991 року — до Хорватії[1].