Із самого початку Собор належав римо-католицькій церкві. У 1219 року впроваджено посаду декана собору, який опікувався облаштуванням та усіма справами церковного комплексу. найбільш відомим з деканів є письменник Джонатан Свіфт. Під час Реформації в Англії собор у Дубліні було передано англіканській церкві. У 1688 році під час повстання проти Вільгельма III католикам вдалося повернути кафедральний собор собі. Втім після поразки останніх біля річки Бойн у 1690 році, собор остаточно опанували англікані, а після здобуття незалежності Ірландії — протестантська Церква Ірландії. У каплицях собору проводили збори лицарі Ордену Святого Патрика та лицаря Ордену Лазаря Єрусалимського.