У цьому місці ще на початку V століття з'явився даоський монастир, де мешкав Коу Цяньчжи, проте пізніше після гонінь на даосизм монастир зайняли буддисти.

Заснований в 495 році за підтримки імператора Сяо Вень-ді (дин. Північна Вей) індійським буддійським ченцем на ім'я Бхадра (Бато 跋陀 Bátuó, Buddhabhadra). В 530-х в монастирі зупинявся перший патріарх чань-буддизму Бодхідхарма (Путідамо, Дамо). Індійський чернець Бодхідхарма передав ченцям Шаоліня метод, який докорінно змінив їхню буддистську практику. Разом з цим вони отримали способи вдосконалення медитації та підтримки фізичного здоров'я.

У 620 році тринадцять шаолінських ченців допомогли Лі Шиміню (李世民, 599—649) утриматися на престолі, і монастир отримав дозвіл утримувати монарше військо. Таким чином, Шаолінь виявився наріжним каменем у відновленні династії і прославився як центр бойових мистецтв.

У 1928 році воєначальник Ши Юсан[en] підпалив монастир Шаолінь. Були знищені унікальні писемні джерела, наприклад, трактат Чжан Саньфена 張三丰 (12 ст.), котрого вважали одним з винахідників тайцзіцюаню. У той час у храмі вже не було майстрів.

Пізніше синові майстра Цзи Циня У Шаньліню буде запропоновано повернутися для відродження самобутньої культури і традиційних знань Шаоліня. В той період він залишався в монастирі і навчав ченців протягом трьох років. Таким чином, останні майстри Шаоліня отримали свої знання саме від нього.

У зв'язку з тим, що монастир пролежав у руїнах майже півстоліття, виникли проблеми з поверненням монастирю його традицій (так, після Другої світової війни на руїнах монастиря жило всього сім ченців, з яких лише троє були знайомі з шаолінськими бойовими мистецтвами). Тому влада Китаю залучила до відродження монастиря багатьох народних майстрів ушу, хоч якось знайомих з традиціями Шаоліня.

Після виходу в 1982-у на екрани художнього фільму «Храм Шаоліня» по Китаю прокотилася хвиля популярності Шаоліня, і в монастир прийшло багато нових молодих послушників, котрі щиро тренувалися і вивчали буддизм.

В 1986 році настоятелем монастиря був офіційно затверджений Сінчжен (мирські прізвище та ім'я — Лі Тайбао), який з 1951 року на громадських засадах виконував посаду оберігача монастиря, однак в 1987 році він помер.

Після його смерті загальним голосуванням чань-буддистського товариства Ши Юнсін був затверджений на посаді настоятеля Суншанського Шаолінського монастиря.

Багато шкіл бойових мистецтв походять від Шаоліня. Серед шкіл, що заявляють про свою духовну спорідненість з Шаолінем, відомі китайська школа Шаолінь цюань і японська Серіндзі-кемпо.

Популярність Шаоліня в масовій культурі призвела до того, що монастир потужно розрісся, великі кошти були вкладені у благоустрій регіону та індустрію туризму. У монастирі і навколо нього існує велика кількість комерційних шкіл бойових мистецтв, розрахованих на іноземних туристів.

В 1994 році шаолінським ченцем у 34-му поколінні Ши Яньмінем в США був заснований шаолінський храм. У цьому храмі широкому колу людей викладається філософія чань-буддизму за допомогою бойових мистецтв або медитативних технік, таких як: кунгфу, тайцзицюань і цигун. Серед учнів присутні такі відомі особи, як Веслі Снайпс і RZA[1].