Сетубал був заснований фінікійцями приблизно у X столітті до н. е. і присвячений богові родючості Ваалу (порт. Baal). Був важливим морським портом завдяки постачанням солі, соленої риби ти харчових продуктів. У березні 1249 року місто було передане Ордену Сантьяго.

1250 року португальський король Афонсу III надав Сетубалу форал, яким визнав за поселенням статус містечка та муніципальні самоврядні права.

Під час землетрусу у 1755 році місто зазнало значних втрат — історичний центр було частково зруйновано. Статус міста отримав у 1860 році за часів короля Дона Педру IV. З 1922 року стає адміністративним центром однойменного округу, а з 1975 року — центром єпископату.

Цікавим фактом для Сетубала є той, що після Революції гвоздик 1974 року тут завжди перемагає Комуністична партія Португалії (теперішнім президентом муніципальної палати Сетубала є комуністка André Martins[1]).

Саме Сетубал є батьківщиною відомого португальського тренера Жозе Моурінью. З містом також пов'язане життя відомого португальського поета Мануела Бокаже.