Заснування монастиря приписується Святому Варнаві у період 375 до 395 років[1], а відновлення Святий Софронію після руйнівного набігу агарян (арабів) у VI столітті.

У візантійську добу монастир користувався прихильністю кількох поколінь імператорів і став найбільш впливовим і багатим на території Понта в епоху Трапезундської імперії (період 1204–1461 років). Після падіння останньої усі привілеї були підтверджені султаном Селімом та усіма наступними османськими правителями.

Найбільшого розквіту монастир досяг у XVIII–XIX століттях. Проте через греко-турецький обмін населенням, який відбувався відповідно до рішення Лозаннської конференції, чернече життя у Панагія Сумела обірвалось. Реліквії монастиря, у тому числі чудотворна ікона Панагія Сумела були спочатку врятовані від втрати понтійськими греками, а пізніше перевезені у Грецію 1931 року, де і зберігались у Афінському Музеї Бенакі. Ікона ж Панагія Сумела стала храмовою у селищі Кастанія, заснованому переселеними до Греції понтійцями.

Впродовж кількох століть монастир Панагія Сумела був святинею не лише для понтійських греків, але й християнства всього світу, проте турецька влада дуже вороже ставилась до православного паломництва. Вперше воно стало можливим тільки 2007 року.[2] 22 листопада 2009 року у Москві відбулась зустріч Голови Великого Національного Зібрання Туреччини Мехмета Алі Шахіна з Іваном Саввіді, координатором міжпарламентської депутатської групи зі зв'язків із Парламентом Грецької Республіки, депутатом Державної Думи РФ, в ході якої також обговорювалось питання паломництва, а також інцидент, що трапився 15 серпня 2009 року, коли в аеропорті міста Трабзон православних священників змусили зняти священничий одяг та хрести, нібито за вказівкою влади.[3]

8 червня 2010 року Міністерство культури Туреччини на прохання Вселенського патріарха дало згоду на проведення у монастирі Панагія Сумела першої з 1922 року Божественної літургії. 15 серпня її проведе Вселенський патріарх Варфоломій I[4][5][6]. Пряма трансляція історичної для еллінізму і християнства події організована грецькою компанією ERT[7].