Перші люди з'явилися на території Шавеша за часів палеоліту. В античності тут мешкали лузітанські племена та кантабри, з часом тут також оселилися кельти, створивши племена кельтіберів.

137 року до н.е., в часи боротьби римлян з лузітанськими племенами каллаїків та бракарерів, один із римських легіонів за наказом проконсула Децима Юнія Брута зайшов в цю місцевість і виявив термальні джерела. 79 року за правління імператора Веспасіана тут створили муніципію Акви Флавія. За наказом імператора Траяна в ній заснували військовий табір VII легіону Близнюків, спорудили лазні і побудували близько 100 року міст через річку через річку Тамега. Цей табір набув військового та економічного стратегічного значення, яке зросло після виявлення в окрузі покладів металів. З прийняттям в Римській імперії християнства в Аквах Флавіях постало єпископство.

Після падіння Риму місто перейшло під владу Королівства свевів. 460 року воно постраждало під час боротьби між королями Рехімундом і Фрумаром, а внаслідок військової кампанії свевського короля Ремісмунда в 464 році практично занепало, перетворившись на невеличке поселення. 585 року разом з іншими свевськими землями Акви Флавії були інкорпоровані до Вестготського королівства, до складу провінції Галеція. В цей час назва перетворилася на Шавеш.

714 року Шавеш завоювали мусульмани й зробили його частиною Ісламської Андалусії. З XI століття християни вели боротьбу за повернення міста. Остаточно його відвоював у маврів португальський граф Афонсу І.

1258 року португальський король Афонсу III надав Шавешу форал, яким визнав за поселенням статус містечка та муніципальні самоврядні права.

У XIV столітті король Дініш побудував замок, а так же два форту для захисту міста. Після перемоги у війні за незалежність від Іспанії, наприкінці 1660-х років була зведена ще одна фортеця.