Офіційною датою заснування національного парку Серра-дус-Орґанус вважається 30 листопада 1939 року. Саме тоді місцевий уряд видав декрет на утворення природної резервації. Однак спочатку площа парку була майже 150 км², і з часом була скорочена до теперішніх розмірів. Цьому сприяли постійні протести жителів прилеглих населених пунктів, які вважали, що ця природна резервація обмежує іхні земельні права. Останній раз зміни в розмірах парку відбулися в 1987 році. З 28 серпня 2007 року парк перебуває на балансі Державного науково-дослідного інституту біорізноманіття Бразилії (ICMBio).

У 1822 році гірський хребет, на якому лежить національний парк відвідала російська Велика географічна експедиція на чолі з німецьким і російським вченим-географом Григорієм Івановичом Ланґсдорфом, на честь якого названо одне знайбільших дерев Південної Америки — Копайферу Ланґсдорфа (Copaifera langsdorffii), яка нерідко досягає висоти у 35-40 метрів, і дуже поширена в цьому парку.

 Носуха (Nasua nasua) в Національному парку Серра-дус-Орґанус (Бразилія)