Найдавнішим поселенням, з якого виник Мекнес y 8 ст.н. е., була касба. У 9-му ст.н. е., після оселення на цьому місці Берберського племені під назвою мекнасів, місто почало розростатися навколо старого поселення й отримало сучасну назву[1].

В 9-му ст.н.е Альморавіди заклали в місті фортецю. Фортеця була зруйнована за спротив під час приходу до влади Альмохадів, але пізніше збудована знову в більшому розмірі, з мечетями та посиленими укріпленнями. Під час правління Маринідів на початку XIV ст.н. е. місто інтенсивно розбудовувалося — були зведені нові медресе, касби та мечеті. Період розквіту продовжився після приходу до влади Ваттасидів. Золота доба Мекнесу — столиця імперії під орудою Мулая Ісмаїла, правителя Султанату Марокко в 1672—1727. Під час його правління в старому місті було облаштовано велику в'язницю для християнських рабів, захоплених під час морських нападів, а також збудовано велику кількість садів, брам, мечетей (Мекнес називають «Містом ста мінаретів») та мур загальною довжиною 40 км