Територія Ладакху була заселена з неоліту, що підтверджується численними знахідками печерних малюнків. Найдавніше населення Ладакху імовірно складалося з індоаріїв, монів і дардів[1], про що згадують Геродот, Неарх, Меґасфен, Пліній Старший і Клавдій Птолемей; згадка про них зустрічається в географічних списках «Пурани»[2]. У I столітті н. е. Ладакх входив в склад Кушанської імперії. В II столітті в західному Ладакхі поширився прийшовший з Кашміру буддизм. Східний Ладакх і Західний Тибет до VIII століття були населені шанувальниками релігії бон. У VIII столітті Ладакх потрапив в сферу впливу розширюваного на Захід Тибету. Одночасно через Центральну Азію поширювався китайський вплив. У 842 році, після розпаду Тибетської Імперії, Ладакх захопив Ньїма-Гон, представник тибетської правлячої династії, який і став засновником династії правителів Ладакху. Під час його правління весь Ладакх був звернений в буддизм (що в літературі часто називається «другим розповсюдженням буддизму»), релігійні ідеї були запозичені в північно-західній Індії, зокрема, в Кашмірі.

У XIII столітті, перебуваючи перед загрозою ісламського завоювання, Ладакх вирішив орієнтуватися на Тибет в питаннях релігії. До 1600 року сусідні мусульманські держави здійснювали регулярні набіги на Ладакх, що призвело до подрібнення і ослаблення останнього та навернення частини населення в іслам.

Цар Лхачен Бхаган в XIV столітті об'єднав Ладакх і заснував нову династію Намґ'ял, що правила до 1834 року. Представники династії відбили напади з Центральної Азії і розширили територію держави, яка в якийсь момент доходила на схід до Непалу. На початку XVII століття до Ладакху були приєднані Занскар і Спіті. Пізніше Ладакх був завойований моголами, які перед цим зайняли Кашмір і Балтистан, але змогли зберегти свою незалежність.

В кінці XVII століття Ладакх уклав союз з Бутаном проти Тибету, що призвело до тибетського вторгнення в Ладакх. Кашмір надав Ладакху допомогу та поновив правління династії Намґ'ял на тій умові, що цар Ладакху наверенеться в іслам і побудує мечеть в Леху. У 1684 році був укладений Темісгамский мирний договір між Ладакхом і Тибетом, за яким незалежність Ладакху була сильно обмежена.

У 1834 доґрі, що входили до війська пенджабської сикхської держави під управлінням Ранджіта Сінґха, зайняли і анексували Ладакх. Повстання в Ладакху в 1842 році було придушено, і Ладакх був включений в державу догрів, Джамму й Кашмір. Династія Намгьял отримала джагір Сток (на південь від міста Лех), яким формально володіє донині. Починаючи з 1850-х років, в Ладакх проникав європейський вплив; в 1885 році в Леху була заснована місія протестантської Моравської церкви.

У 1947 році під час розділу Британської Індії правитель Джамму й Кашміру махараджа Харі Сінґх вагався, чи варто йому приєднатися до Індії чи Пакистану, але врешті-решт підписав договір про приєднання до Індії. У 1949 році Китай закрив кордон між долиною Нубра і Сіньцзяном, перекривши тим найдавніший торговельний шлях. У 1955 році Китай почав будувати біля кордону дороги, що з'єднують Сіньцзян і Тибет. Він також спільно з Пакистаном побудував Каракорумське шосе. У відповідь Індія побудувала вздовж кордону шосе, що з'єднує Лех і Срінаґар, скоротивши дорогу між цими містами з 16 днів до двох. Весь штат Джамму й Кашмір є предметом територіальних суперечок Індії з Пакистаном (Кашмірський конфлікт), і Китаєм. У 1999 році в ході Каргільської війни регіон ледь не став ареною ядерної війни. Адміністративно Ладакх, що входить до складу штату Джамму і Кашмір, був у 1979 розділений на округи Лех і Каргіл. У 1989 році відбулися зіткнення між буддистами і мусульманами. У 1993 році, після закликів до більшої незалежності від уряду штату, в якому домінують кашмірці, була створена Автономна гірська рада розвитку Ладакху (англ. Ladakh Autonomous Hill Development Council).