Час заснування «селища на воді» або Кампонг Аєр на річці Бруней невідомий. Китайські джерела описують державу на місці сучасного Брунею в X—XII сторіччях, проте нічого не кажуть про будову жител. Традиція пов'язує появу Кампонг Аєр з часами формування ісламського султанату в XIV сторіччі. У брунейській епічній поемі малай. Syair Awang Semaun описано побудову перших будинків на воді засновником брунейської династії Мухаммадом Шахом і його 14 братами. Утім археологічні дослідження виявили поселення VIII—X сторіччя біля сучасних витоків річки Бруней, у селища Лімау-Маніс, яке ймовірно також було «селищем на воді». Існує припущення, що Кампонг Аєр мігрувала вздовж річки, на що вказує легкість побудови тодішніх будинків з можливістю перенести їх далі чи ближче до устя у випадку небезпеки. Нідерландський адмірал Олів'є ван Норт[en], який відвідав Бруней на межі 1600—1601 років, писав, що гарні будинки брунейців були легкі, й тому переносилися з місця на місце в разі негоди та шторму.

Перший детальний опис селища належить мандрівнику й супутнику Фернана Магеллана італійцю Антоніо Пігафетті. Він перебував разом з іншими європейцями в Брунеї у липні 1521 року й описав місто як побудоване виключно на воді, окрім будинків короля і найвищої знаті. За його оцінкою у будинках на палях мешкало 25 тисяч душ. Тодішній Кампонг Аєр знаходився значно ближче до гирла, поблизу селища Кота-Бату[1].

Місто Бруней зберігало свою торговельну функцію між узбережжям Борнео і жителями джунглів до середини ХІХ сторіччя. За відсутності доріг основними транспортними шляхами були річки, а річка Бруней була однією з найбільших. Місто збирало податки з усіх торговців, які рухалися уверх і вниз по річці[2].

У книзі «Місто багатьох вод» мандрівник і письменник Френк Баттерворт описує Кампонг Аєр початку XX сторіччя як унікальне місто на воді[3].