Поселення на цьому місті існувало 1500 років тому. За часів держави Чачапоя постає як важливе адміністративне, за іншими відомостями — торговельне місто. Після підкорення останніх наприкінці XV ст. інками, Гран-Пахатен зберегло свій статус. Тут інки також вели активне будівництво. Натепер збереглися будівлі саме часів інкської доби. Дотепер тривають суперечки між археологами відносно того куди і чому зникли жителі Гран-Пахатена.

На думку низки дослідників, інки тут створили важливий центр свої колонізації. Особливу увагу при цьому приділялося землеробству та кераміки, про що свідчать знайдені численні тераси та залишки посуду.