Археологічні розкопки показали, що в найвищій точці цієї фортеці існував римський форт[1]. Його не слід плутати з більш значним римським castrum superius на Ноннберзькій терасі[2].

Будівництво нинішньої фортеці розпочалося в 1077 році під керівництвом архієпископа Ґебгарда фон Гельфенштейна[3]. Оригінальний проєкт являв собою базове укріплення з дерев'яним частоколом. У Священній Римській імперії архієпископи Зальцбурга вже були впливовими політичними фігурами, і вони розширили фортецю, щоб захистити свої інтереси. Конфлікт Гельфенштейна з імператором Генріхом IV під час боротьби про інвеституру вплинув на розширення фортеці, коли архієпископ взяв бік Папи Григорія VII та німецького короля Рудольфа Швабського. Протягом наступних століть фортеця поступово розширювалася. Кільцеві стіни та вежі були побудовані в 1462 році за принца-архієпископа Буркгарда II фон Вайспріаха.

Принц-архієпископ Леонгард фон Койчах ще більше розширив фортецю під час свого правління з 1495 по 1519 рр[4]. Його сподвижник Маттеус Ланг фон Велленбург, який пізніше мав стати наступником Леонгарда, у 1515 році написав опис Райсцуг, примітивного фунікулера, який забезпечував доступ вантажів до верхнього двору фортеці. Лінія все ще існує, хоча й в оновленому вигляді, і, мабуть, є найстарішим діючим залізничним транспортом у світі[5][6]. Нинішні зовнішні бастіони, започатковані в XVI столітті та завершені в XVII столітті, були додані як запобіжний захід через побоювання турецького вторгнення[4].

Єдиний раз фортеця потрапила в облогу під час селянської війни в Німеччині в 1525 році, коли група шахтарів, фермерів і городян намагалася витіснити з фортеці принца-архієпископа Маттеуса Ланга, але не змогла взяти фортецю. У 1617 році скинутий архієпископ Вольф Дітріх фон Райтенау помер у фортечній в'язниці. Під час тридцятилітньої війни архієпископ граф Паріс Лодронський зміцнив оборону міста, включно з Гогензальцбургом. Він додав до фортеці порохові склади та додаткові ворота. Фортеця була здана без бою французьким військам під командуванням генерала Жана Віктора Марі Моро під час наполеонівської війни Другої коаліції в 1800 році, а останній князь-архієпископ граф Ієронім фон Коллоредо втік до Відня. У XIX столітті фортеця використовувалася як казарма, склад і підземелля, перш ніж її покинули як військовий форпост у 1861 році.

Фортеця Гогензальцбург була відремонтована з кінця XIX століття і стала визначною туристичною пам'яткою завдяки фунікулеру Festungsbahn, відкритому в 1892 році [4], який веде від міста до Газенґрабенбаштай. Сьогодні фортеця є одним із найкраще збережених замків у Європі.

На початку XX століття вона використовувалася як в'язниця, де утримувалися італійські військовополонені під час Першої світової війни та нацистські активісти до анексії Німеччиною Австрії в березні 1938 року.

Німецький кераміст, скульптор і художник Арно Леманн жив і творив у фортеці Гогензальцбург з 1949 року до своєї смерті в 1973 році[7].

Фортеця Гогензальцбург була обрана для пам’ятної монети австрійського абатства Ноннберг, викарбуваної 5 квітня 2006 року. Це була перша монета серії «Великі абатства Австрії». На ній зображено бенедиктинський монастир Ноннберзького абатства. На вершині пагорба на задньому плані видно фортецю та церкву Кайєтанер. Також у 1977 році Монетний двір Австрії випустив монету до 900-річчя фортеці Гогензальцбург.