Храм на честь Феодора Тірона був побудований для проекту Луки Заушкевича коштом купця першої гільдії Анастасія Чуфлі, що був родом з Епіра, за заповітом його старшого брата Феодора, який помер у 1854 році. Освячення храму відбулося 6 липня 1858[1]. Першим настоятелем церкви став протоієрей Іоанн Бутук. Анастасій Чуфлі помер 1870 року. Обох братів поховано біля південної стіни церкви.

На початку XX століття, з метою збільшення місткості, вона була значно перебудована[2][3].

З площі перед Чуфлинською церквою на Великдень 6 квітня 1903 року розпочався перший кишинівський погром[4].

У 1962 році, у зв'язку із закриттям Христоріздвяного собору, Чуфлинська церква стала кафедральним собором Кишинівської єпархії. 1972 року було проведено капітальні ремонтні роботи. Реставрацію настінного живопису, виконаної у стилі Васнецова, проводив художник А. І. Бурбела. У 1974 році був споруджений південний боковий вівтар на честь Покрови Пресвятої Богородиці[2]. У 1990-х Собор Різдва Христового повернуто до церкви і кафедра повернулася туди.

У 2002 році на базі Чуфлинського собору було створено жіночий монастир[2].

У рамках Міжнародної конференції «Історична спадщина Суворова» 20 липня 2019 року в монастирі було відкрито пам'ятник кадетам, суворовцям та нахімовцям, які загинули на полі бою, померли від ран та хвороб, що віддали душу за віру та Батьківщину[5].