Першими відомими його жителями були індіанці племені какетіос, що заселили Бонер, приблизно в 10 столітті до нашої ери. Протягом лише 20 років після їх першого контакту з європейцями, що з'явилися біля берегів Бонайре в 1499 році, більшість індійців вимерли від хвороб або були вивезені на Гаїті. Протягом майже ста років тут жили тільки засланці з країн Південної Америки та бродили численні стада великої рогатої худоби з ранчо іспанського губернатора. З часом переселенці з Європи заснували невеликі поселення на місці сучасного Рінкона і в районі Антріол, на північ від сучасної столиці острова. У відповідь на захоплення іспанцями острова Святого Мартина, голландці окуповували Бонер в 1633 році, але лише в 1791 році він офіційно увійшов до складу володінь корони.

У 1816—1868 роках Бонайре населення в основному займалося роботою на плантаціях, які контролював уряд. У 1825 році на острові було близько 300 рабовласників. З 30 вересня 1862 р. після скасування рабства більшість рабів були звільнені, деякі залишалися працювати на плантаціях за оплату[1].

У 1867 році уряд почав продавати більшу частину державних земель, включно з територіями на яких було розміщено соляні копальні. Місцеве населення стало залежним лише від двох великих приватних землевласників. Багато жителів були змушені шукати роботу на Арубі, Кюрасао або у Венесуелі[1].

Під час Другої світової війни Бонайре був під захистом Британії та США. Американська армія побудувала як місце дислокації авіабазу «Фламінго». Після того, як Німеччина 10 травня 1940 року захопила Нідерланди, багато німецьких та австрійських громадян були інтерновані в табори на Бонайре протягом усієї тривалості війни[2]. У 1944 році принцеси Нідерландів Юліана та Елеанора Рузевельт організували візит до військових частин на  острові Бонайре[1]. 

Після війни економіка Бонайре почала відроджуватись. Військова авіабаза була перетворена на цивільний аеропорт, а колишній табір інтернованих було перетворено на перший готель на Бонайре[3]. У 1966 році голландець Пієр Шенк разом з сім'єю заснував швейну фабрику «Kledingindustrie Bonaire Schunck»[4]. У 1962 році було зведено другий великий готель на острові «Bonaire Beach Hotel»[5]. У 1964 році в Бонайре з'явилося власне радіо «Trans World Radio».  У 1966 році відновився видобуток солі після того, як соляні копальні були розширені та модернізовані Міжнародною соляною компанією на Антильських островах[6]. У 1975 році було створено нафтовий термінал «Bonaire Petroleum Corporation» (BOPEC)[7].