Сьогоднішній Берлінський собор будувався в 1894–1905 роки за проєктом Юліуса Рашдорфа як головна церква прусських протестантів і придворна церква правлячої династії Гогенцоллернів. Собор виконаний в стилі неоренесансу. Спочатку багато оздоблений будинок з сілезького піщанику сягав разом з куполом висоти 114 метрів.

9 листопада 1918 року Вільгельм II відрікся від престолу. Листопадова революція поклала кінець вікової залежності Вівтаря від Трону. У 1922 році Собор передається євангельській церкві Пруссії («Унії»).

Під час Другої світової війни Собор неодноразово зазнав бомбових ударів авіації, що призвело до руйнування майже всієї будівлі.

Після Другої світової війни було проведено тимчасові заходи з відновлення будівлі. Служба проводилася лише в приміщенні крипти і в підвалі траурної церкви.

З 1975 до 1989 року тривали роботи з реставрації собору. Зовнішні відновлювальні роботи було завершено в 1981 році. В ході цих робіт купольна частина Собору була значно змінена. У 1989 році реставрація була закінчена відновленням Імператорських сходів.

6 червня 1993 року пройшло урочисте освячення відновленої головної церкви.