Köpek Nehri yakınlarındaki daha küçük bir mağarada bir dökümhanenin eski kalıntıları bulunmuştur. Bu da Jeita Mağarası'nın antik dönemde kılıç üretmek için kullanıldığını düşündürmektedir.

Jeita yeraltı nehrinin 1836'daki modern keşfi, mağaranın yaklaşık 50 metre içine giren Amerikalı bir misyoner olan Rahip William Thomson'a atfedilmektedir. Yeraltı nehrine ulaştığında silahıyla bir el ateş etmiş ve ortaya çıkan yankılar onu büyük bir mağarada bulunduğuna ikna etmiştir.[1]

1873 yılında Beyrut Su Şirketi mühendisleri W.J. Maxwell ve H.G. Huxley ile Suriye Protestan Koleji'nin (daha sonra Beyrut Amerikan Üniversitesi) başkanı olan arkadaşları Rahip Daniel Bliss bu mağaraları incelediler.[2] 1873 ve 1874 yıllarında gerçekleştirilen iki keşif gezisinde mağaraya 1.060 metre kadar girdikten sonra ilerlemelerinin bir yeraltı şelalesi tarafından engellendiğini gördüler.[1] Şelale, akıntıların keskin kayalara çarpması nedeniyle "Cehennem Akıntıları" olarak anılmaya başlandı.[1] Rahip Bliss, Maxwell ve diğer mühendisler isimlerini ve yılı, girişten yaklaşık 625 metre içerdeki büyük bir kireç taşı sütun olan "Maxwell Sütunu"na kaydettiler. Yaklaşık 200 metre ileride, "Pantheon" olarak adlandırılan yerde ise, isimlerini ve keşif gezisinin ayrıntılarını bir kağıda yazıp bir şişenin içine koyarak mühürlediler ve bir dikitin üzerine yerleştirdiler. Kireç emdirilmiş su o zamandan beri şişeyi ince beyaz bir tabakayla kaplayarak taşa kalıcı olarak sabitlemiştir.

1892 ve 1940 yılları arasında İngiliz, Amerikalı ve Fransız kaşifler tarafından başka keşifler de gerçekleştirildi. Bu keşifler araştırmacıları 1.750 metre derinliğe kadar ulaştırdı.

1940'lardan bu yana Lübnanlı kaşifler Jeita mağarasının daha da derinlerine inmişlerdir. Bu kaşiflerin çoğu 1951 yılında ilk Lübnanlı mağaracı Lionel Ghorra tarafından kurulan Speleo Club du Liban'ın (Lübnan Mağaracılık Kulübü) üyeleridir.[3] Keşif gezileri, şu anda toplam uzunluğu yaklaşık 9 kilometre olan büyük bir yeraltı sistemini ortaya çıkarmıştır.[4][5]

1958 yılında aşağı mağaralar halka açıldı. Bu arada özellikle Lübnan Mağaracılık Kulübü tarafından keşif çalışmaları devam etti. Bu keşif, mağaranın daha sonra üst galeriler olarak anılacak olan yükseltilmiş kuru kolunun keşfedilmesine yol açtı. 1962 yılında Spéléo Kulübü, mağarayı turizme kazandırmak amacıyla kazılacak bir erişim tüneli sağlamayı amaçlayan üst galerilere ilişkin bir çalışmaya katkıda bulundu.[2] Erişim tüneli üzerindeki çalışmalar 1968 yılında başladı.[2][6]

1969 yılında, üst galerilerin açılışını kutlamak amacıyla mağarada Fransız besteci François Bayle tarafından elektronik müzik eşliğinde bir konser düzenlendi.[7] Bu etkinlik Lübnanlı sanatçı ve heykeltıraş Ghassan Klink tarafından organize edildi. Kasım 1969'da dünyaca ünlü Alman besteci Karlheinz Stockhausen'in verdiği konser de dahil olmak üzere, mağara ortamında başka kültürel etkinlikler de gerçekleştirilmiştir.[7][8]

Mağara, 1978'de Lübnan İç Savaşı nedeniyle halkın ziyaretine kapatıldı.[2] Alt ve üst galerilere giden her iki tünel de mühimmat depolamak için, mağara dışındaki binalar ise askeri amaçlarla kullanıldı.[2] Mağaralar 1995 yılında yeniden ziyarete açıldı.[2]