อุทยานแห่งชาติแม่น้ำใต้ดินปูเวร์โตปรินเซซา (อังกฤษ: Puerto Princesa Subterranean River National Park; ตากาล็อก: Pambansang Liwasang Ilog sa Ilalim ng Lupa ng Puerto Princesa) เป็นอุทยานแห่งชาติของประเทศฟิลิปปินส์ ได้รับการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติเมื่อปี ค.ศ. 1992 และได้รับการจัดเป็นมรดกโลกทางธรรมชาติในปี ค.ศ. 1999

อุทยานแห่งชาติแม่น้ำใต้ดินปูเวร์โตปรินเซซาตั้งอยู่บริเวณทิวเขาเซนต์พอล ทางตอนเหนือของเกาะปาลาวัน ประเทศฟิลิปปินส์ ห่างจากเมืองปูเวร์โตปรินเซซา เมืองหลวงของจังหวัดปาลาวันทางตอนเหนือประมาณ 50 กิโลเมตร

ณ ที่นี้ถือเป็นแม่น้ำใต้ดินที่มีความยาวที่สุดในโลก (ประมาณ 8.2 กิโลเมตร) ลอดผ่านถ้ำหินปูนของทิวเขาเซนต์พอล ที่มีอายุกำเนิดมานานกว่า 20 ล้านปี ก่อนที่จะไหลลงสู่ทะเลจีนใต้ โดยในภายในถ้ำจะประกอบด้วยหินงอกหินย้อยต่าง ๆ ที่มีลักษณะเหมือนรูปร่างต่าง ๆ ตามแต่จินตนาการของผู้พบเห็น เช่น หัวสิงโต, เห็ด, เทียนไขเล่มยักษ์ หรือพระแม่มารี ซึ่งถือเป็นจุดสำคัญของการเข้าชม การเข้าชมต้องใช้วิธีการล่องเรือพายเข้าไป และใช้ไฟฉายส่อง เพราะภายในถ้ำไม่มีการติดตั้งไฟอย่างถาวร

ก่อนที่จะเข้าสู่ถ้ำ ต้องเดินผ่านเส้นทางชมธรรมชาติซึ่งเป็นป่าดิบที่อุดมสมบูรณ์ ประกอบไปด้วยป่าไม้นานาชนิด และสัตว์ป่าหายากชนิดต่าง ๆ เช่น ลิงแสม, นกเงือกปาลาวัน เป็นต้น และภายในถ้ำก็เป็นแหล่งอาศัยของค้างคาวจำนวนมาก

การเข้าชม จะเข้าชมได้เพียง 1.2 กิโลเมตร ส่วนที่เหลือจะปิดไม่ให้นักท่องเที่ยวเข้าชม ด้วยเหตุผลของการอนุรักษ์ และจำกัดจำนวนนักท่องเที่ยว

อัตราค่าเข้าชมคนละ 150 เปโซ ถือเป็นแหล่งท่องเที่ยวแห่งใหม่ของจังหวัดปาลาวัน อุทยานแห่งชาติแม่น้ำใต้ดินปูเวร์โตปรินเซซาได้รับการประกาศให้เป็น 7 สิ่งมหัศจรรย์ทางธรรมชาติของโลก เมื่อปี ค.ศ. 2011 ร่วมกับป่าแอมะซอน, อ่าวหะล็อง, น้ำตกอีกวาซู เป็นต้น