วัดปากน้ำ เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญ ตั้งอยู่ ณ ที่ราบลุ่มบางกอกซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำเจ้าพระยา ตั้งอยู่ริมคลองหลวงหรือ คลองบางกอกใหญ่ อันเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาเดิม ก่อนที่จะมีการขุดคลองลัดหน้าวัดอรุณราชวรารามราชวรมหาวิหาร และกลายเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาในปัจจุบัน เนื่องจากวัดตั้งอยู่บริเวณปากคลองด่านที่แยกไปจากคลองบางหลวงอีกทีหนึ่ง ชื่อของวัดจึงถูกเรียกขานตามตำบลที่ตั้งว่า วัดปากน้ำ ซึ่งชื่อนี้มีปรากฏเรียกใช้ในจดหมายเหตุโบราณหลายฉบับ แต่ได้พบชื่อของวัดที่แปลกออกไปในแผนที่กรุงเทพฯ พ.ศ. 2453 และ พ.ศ. 2474 ว่า วัดสมุทธาราม แต่ไม่เป็นที่นิยมเรียกขานกันอย่างนั้น คงเรียกว่า วัดปากน้ำ มาโดยตลอด

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการขุดคลองภาษีเจริญที่ข้างวัดด้านทิศตะวันตก วัดจึงมีลำน้ำหลักล้อมอยู่ทั้ง 3 ด้าน ส่วนด้านใต้เป็นคลองเล็กแสดงอาณาเขตของวัดในสมัยก่อน วัดปากน้ำ เป็นวัดโบราณสร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนกลาง (ระหว่าง พ.ศ. 2031-2172) สถาปนาโดยพระราชวงศ์ในสมัยกรุงศรีอยุธยา แต่ไม่ปรากฏพระนามแน่ชัด เป็นวัดประจำหัวเมืองธนบุรี ปรากฏในตำนานเรื่องวัตถุสถานต่างๆ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสถาปนาว่าเป็นพระอารามหลวงครั้งกรุงศรีอยุธยา อันหมายถึงพระอารามที่พระเจ้าแผ่นดินหรือพระมเหสีทรงสถาปนาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยานั้น หลักฐานทางโบราณวัตถุและโบราณสถานภายในวัดมีอายุย้อนไปถึงสมัยอยุธยาตอนกลาง ได้พบร่องรอยคลองเล็กด้านทิศใต้และทิศตะวันตกของวัด ที่โบราณขุดไว้เป็นแนวเขตที่ดินของวัดหลวงสมัยอยุธยา ที่ตั้งของวัดปากน้ำจึงมีลักษณะเป็นเกาะรูปสี่เหลี่ยมมีน้ำล้อมอยู่ทุกด้าน สถาปัตยกรรมและศิลปวัตถุที่อยู่คู่วัดมาเช่น หอพระไตรปิฏก ตู้พระไตรปิฎกทรงบุษบก ล้วนเป็นฝีมือช่างหลวงสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช และตัวพระอุโบสถก็ใช้เทคนิคการก่อสร้างในสมัยนั้น ได้ค้นพบนามเจ้าอาวาส 1 รูป ในรัชสมัยสมเด็จพระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ (พระเจ้าเอกทัศ) คือ พระครูธนะราชมุนี วัดปากน้ำ ได้มีบทบาทสำคัญมาแต่โบราณเพราะได้รับสถาปนาเป็นพระอารามหลวงที่อยู่นอกกรุงศรีอยุธยา เป็นวัดสำคัญประจำหัวเมืองหน้าด่านทางทะเล

ในจดหมายเหตุสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชได้เสด็จพระราชดำเนินทางชลมารคถวายผ้าพระกฐินหลวง ณ วัดปากน้ำ ตลอดรัชกาลวัดปากน้ำได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์มาโดยตลอด คือ ได้รับพระราชทานพระราชทรัพย์จากสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชในการซ่อมหลังคาพระอุโบสถคราวหนึ่ง ต่อมาพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ได้บูรณปฏิสังขรณ์ใหญ่ในตอนต้นกรุงรัตนโกสินทร์ และให้คงรูปแบบสถาปัตยกรรมสมัยกรุงศรีอยุธยาไว้ ครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ทางวัดได้รับพระบรมราชานุญาตบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่เกือบทั้งอารามโดยให้อนุรักษ์ศิลปะเดิมไว้ และได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบรมวงศานุวงศ์นำพระกฐินหลวงมาถวายตลอดรัชกาล ในสมัยรัชกาลที่ 6 วัดปากน้ำได้ชำรุดทรุดโทรมลง ไม่มีเจ้าอาวาสประจำพระอาราม มีแต่ผู้รักษาการที่อยู่ในอารามอื่น

ทางเจ้าคณะปกครองได้ส่งพระสมุห์สด จนฺทสโร จากวัดพระเชตุพนวิมลมังคลารามราชวรมหาวิหารมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ซึ่งท่านได้กวดขันพระภิกษุสามเณรให้ปฏิบัติในพระธรรมวินัยอย่างเคร่งครัด ที่สำคัญได้มีการสอนสมถวิปัสสนากัมมัฏฐาน ส่งเสริมการศึกษาพระปริยัติธรรมตั้งสำนักเรียนทั้งนักธรรมและบาลี สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมที่ทันสมัยที่สุดในสมัยนั้น ทำให้พระภิกษุสามเณร และสาธุชนเข้ามาขอศึกษาและปฏิบัติธรรมเป็นจำนวนมาก วัดจึงเจริญขึ้นมาโดยลำดับ กลายเป็นศูนย์กลางการปฏิบัติธรรม และเป็นศูนย์กลางการศึกษาบาลี ท่านได้รับพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯ ตั้งสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะฝ่ายวิปัสสนาธุระ และได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์มาโดยลำดับ สมณศักดิ์สุดท้ายในพระราชทินนามที่ พระมงคลเทพมุนี แต่ผู้คนทั่วไปรู้จักและเรียกขานนามท่านว่า หลวงพ่อวัดปากน้ำ ในสมัยสมเด็จพระวันรัต (ปุ่น ปุณฺณสิริ) ดำรงตำแหน่งรักษาการเจ้าอาวาส (ในกาลต่อมาท่านได้รับพระราชทานสถาปนาพระอิสริยยศเป็นสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ (ปุ่น ปุณฺณสิริ) สมเด็จพระสังฆราช ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร) วัดปากน้ำได้รับการปรับปรุงทัศนียภาพและบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งสำคัญ เช่น พระอุโบสถ พระวิหาร ช่างได้เปลี่ยนสถาปัตยกรรมเครื่องบนเป็นศิลปะสมัยรัตนโกสินทร์เกือบทั้งอาราม แต่ตัวรากฐานและอาคารยังคงเป็นของโบราณแต่เดิมมา

ถึงสมัยสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ (ช่วง วรปุญฺโญ) เป็นเจ้าอาวาส วัดปากน้ำได้พัฒนาอย่างมากในด้านการศึกษาพระปริยัติธรรม มีพระภิกษุสามเณรสอบได้เปรียญธรรม 9 ประโยคในนามวัดปากน้ำเป็นจำนวนมาก และการปฏิบัติภาวนาตามแนวหลวงพ่อวัดปากน้ำก็ได้รับการส่งเสริมสนับสนุนให้มีสถานที่ปฏิบัติ คือ หอเจริญวิปัสสนาเป็นเอกเทศ และมีผู้เข้าปฏิบัติเป็นจำนวนมากทุกวัน

วัดปากน้ำภาษีเจริญ ได้ก่อสร้างพระพุทธธรรมกายเทพมงคล พระพุทธรูปปางสมาธิ ซึ่งมีความสูง 69 เมตร เสร็จสมบูรณ์เมื่อ พ.ศ. 2564 โดยเป็นรูปปั้นและพระพุทธรูปที่สูงที่สุดในกรุงเทพมหานคร และสูงที่สุดเป็นอันดับที่ 3 ของประเทศไทย