มัสยิดมาลินดีเป็นมัสยิดในเมืองสโตนทาวน์ แซนซิบาร์ ประเทศแทนซาเนีย ตั้งอยู่ใกล้ท่าเรือ มีต้นกำเนิดมาจากช่วงทศวรรษที่ 1830 แต่ถูกสร้างขึ้นบนที่ตั้งของมัสยิดเก่าแก่ที่อาจมีอายุย้อนไปถึงศตวรรษที่ 17 หรือก่อนหน้านั้น มัคคุเทศก์บางคนอ้างว่ามีต้นกำเนิดในศตวรรษที่ 15

มัสยิดปัจจุบันสร้างขึ้นในปี 1834-1835/1250 AH โดย Muhammad ben Abdulkadir al-Mansaby จากชายฝั่ง Benadir ในโซมาเลีย เขาเป็นพ่อค้าที่ร่ำรวยในแซนซิบาร์ในช่วงทศวรรษที่ 1820 ถึง 1840 อาคารได้รับการขยายสองครั้งในปี พ.ศ. 2384 และ พ.ศ. 2433

มีสถาปัตยกรรมที่ไม่ธรรมดา ซึ่งรวมถึงหออะซานรูปกรวย (หนึ่งในสามหออะซานของรูปร่างนี้ในแอฟริกาตะวันออก) และฐานสี่เหลี่ยม