พื้นที่ที่รู้จักกันในปัจจุบันในนามโครเอเชียได้ดำรงอยู่ตลอดตั้งแต่ช่วงยุคก่อนประวัติศาสตร์ ฟอสซิลของมนุษย์ยุคหินในยุคพาเลโอลิธิคถูกขุดค้นพบในที่ตั้งเมืองที่โด่งดังและเป็นที่ถูกนำเสนอมากที่สุดอยู่ที่เมืองคราปินาในทางตอนเหนือของประเทศโครเอเชีย เศษซากของวัฒนธรรมนีโอลิธิคและคัลโคลิธิคมากมายถูกค้นพบในทุกบริเวณของประเทศ สัดส่วนที่ใหญ่สุดของที่เมืองคราปินาคือหุบเขาแม่น้ำของทางตอนเหนือของประเทศโครเอเชีย และวัฒนธรรมสำคัญที่ถูกค้นพบในบริเวณนั้น ได้แก่ วัฒนธรรมสตาร์เชโว วูเชดอล และบาเดน ต่อมาช่วงยุคเหล็กได้เหลือร่องรอยวัฒนธรรมฮัลชตัตต์อิลลิเรียและวัฒนธรรมเซลติกลาเทน

หลังจากนั้น ชาวอิลลิเรียและชาวลิบูร์เนียได้ตั้งรกรากในบริเวณนี้ ในขณะที่อาณานิคมกรีกแห่งแรกถูกก่อตั้งขึ้นในเกาะฮวาร์ เกาะคอร์ชูลา และเกาะวิส ในคริสต์ศักราชที่ 9 อาณาเขตของประเทศโครเอเชียในปัจจุบันได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิโรมัน จักรพรรดิดีโอเคลเตียนมีปราสาทใหญ่ที่สร้างขึ้นในเมืองสปลิต ซึ่งพระองค์ได้ถอนตัวหลังจากสละราชสมบัติในคริสต์ศักราชที่ 309

ในระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ 5 จักรพรรดิจูเลียส เนโปสปกครองดินแดนเล็กๆ จากปราสาท หลังจากอพยพจากประเทศอิตาลี เนื่องจากการถูกเนรเทศในปี 475 ภายหลังได้ถูกลอบปลงพระชนม์ในปีค.ศ. 480 ในช่วงยุคนี้ได้จบลงที่ชาวอวาร์และชาวโครแอตได้บุกรุกในครึ่งปีแรกของคริสต์ศตวรรษที่ 7 และการล่มสลายของเมืองโรมัน ชาวโรมันที่รอดชีวิตได้หนีไปยังในที่ที่เหมาะสม อย่างในชายฝั่ง เกาะ และภูเขา เมืองดูบรอฟนิกถูกตั้งขึ้นโดยผู้รอดชีวิตจากเอปิดาอูรุม (Epidaurum)

แหล่งกำเนิดชนกลุ่มชาวโครแอตยังไม่แน่นอน และมีหลากหลายทฤษฎีที่โต้เถียงกัน ชนชาติสลาฟและอิเรเนียนเป็นทฤษฎีที่กล่าวถึงบ่อยที่สุด ทฤษฎีที่เป็นที่ยอมรับอย่างกว้างขวางคือทฤษฎีชาวสลาฟ เสนอการอพยพของชาวไวต์โครแอตจากอาณาเขตของไวต์โครเอเชียระหว่างในยุคการอพยพ โดยทางตรงกันข้าม ทฤษฎีชาวอิเรเนียน เสนอที่มาของชาวอิเรเนียน โดยมีพื้นฐานจากแผ่นจารึกทานาย ซึ่งมีข้อความที่จารึกชื่อเป็นภาษากรีก Χορούαθ[ος], Χοροάθος, and Χορόαθος (Khoroúathos, Khoroáthos, and Khoróathos) และตีความได้เป็นชื่อของชาวโครเอเชีย

หลังจากชัยชนะที่เด็ดขาดของออตโตมัน โครเอเชียได้แยกเป็นอาณาเขตพลเมืองและอาณาเขตทางทหาร ซึ่งแบ่งแยกในปีค.ศ. 1538 อาณาเขตทางทหารกลายเป็นที่รู้จักกันใน "แนวหน้ากองทหารโครเอเชีย" (Croatian Military Frontier) และอยู่ภายใต้การควบคุมของจักรวรรดิโดยตรง ออตโตมันได้รุดหน้าไปในอาณาเขตของโครเอเชียต่อไปจนถึงปีค.ศ. 1593 ศึกของซีซีค เป็นการพ่ายแพ้ของชาวออตโตมันครั้งแรก และการรักษาเสถียรภาพของเขตแดน ในระหว่างสงครามเติร์กครั้งยิ่งใหญ่ (ปีค.ศ. 1683-1698) เขตสลาโวเนียได้ถูกยึดคืนมา แต่ทางตะวันตกของบอสเนีย ซึ่งเคยเป็นส่วนหนึ่งของโครเอเชียมาตลอด ก่อนที่ออตโตมันจะพิชิตได้ ยังคงอยู่นอกการปกครองของโครเอเชีย เขตแดนในปัจจุบันระหว่างสองประเทศนี้เป็นเศษซากของผลการพิชิตนี้ ดัลมาเชีย ชายแดนทางตอนใต้ของประเทศถูกนิยามใกล้เคียงกัน โดยสงครามออตโตมัน-เวเนเชียนครั้งที่ห้าและครั้งที่เจ็ด

สงครามออตโตมันกระตุ้นการเปลี่ยนแปลงทางประชาการอย่างมาก ชาวโครแอตอพยพไปยังออสเตรีย และรัฐเบอร์เกนแลนด์ในปัจจุบัน ซึ่งชาวโครแอตเป็นลูกหลานโดยตรงของผู้ที่ไปอาศัยเหล่านั้น เพื่อแทนที่การอพยพของประชากร ราชวงศ์ฮับส์บูร์กโน้มน้าวประชาชนชาวคริสเตียนของบอสเนียและเซอร์เบียเข้าร่วมรับราชการทางทหารในแนวหน้าทางทหารของโครเอเชีย การอพยพของชาวเซิร์บไปยังแถบนี้ถึงขั้นขีดสุดในระหว่างช่วงการอพยพของชาวเซิร์บครั้งยิ่งใหญ่ในปีค.ศ. 1690 และ ปีค.ศ. 1737-1739

รัฐสภาของโครเอเชียสนับสนุนกฎการสืบราชบัลลังก์ของพระเจ้าชาร์ลที่ 3 และเซ็นสัญญากฎการสืบราชบังลังก์ของพวกเขาในปีค.ศ. 1712 ต่อมาจักรพรรดิปฏิญาณที่จะพิจารณาสิทธิพิเศษและสิทธิทางการเมืองของราชอาณาจักรโครเอเชีย และพระราชินีมาเรีย เทเรซา สร้างคุณูปการที่สำคัญในเรื่องของโครเอเชีย

ระหว่างในปีค.ศ. 1797 และ ปีค.ศ. 1809 จักรวรรดิฝรั่งเศสแห่งแรกค่อยๆ ยึดครองทางตะวันออกของชายฝั่งเอเดรียติกทั้งหมด และส่วนใหญ่ของพื้นที่ชนบท สิ้นสุดที่บริเวณสาธารณรัฐเวเนเชียนและสาธารณรัฐรากูซัน และก่อตั้งมลรัฐอิลลิเรีย เพื่อตอบสนองราชนาวีที่เริ่มการปิดล้อมทะเลเอเดรียติก นำไปสู่ศึกวิส (Battle of Vis) ในปี 1811 มลรัฐอิลลิเรียถูกยึดครองโดยชาวออสเตรียในปี 1813 และถูกรวมโดยจักรวรรดิออสเตรีย ตามด้วยรัฐสภาของเวียนนาในปี 1815 การถูกรวมนี้นำไปสู่การก่อตั้งอาณาจักรดัลมาเชียและการบูรณะบบบริเวณชายฝั่งของโครเอเชียให้แก่ราชอาณาจักรโครเอเชีย ในตอนนี้ทั้งสองได้อยู่ภายใต้ราชวงศ์เดียวกัน ในช่วงปี 1830 และช่วงปี 1840 มีลัทธิรักชาติแบบโรแมนติกกระตุ้นการฟื้นฟูโครเอเชียระดับชาติ การรณรงค์ทางการเมืองและทางวัฒนธรรมสนับสนุนการเป็นหนึ่งเดียวของชาวสลาฟใต้ในจักรวรรดิ จุดสนใจพื้นฐานของทางจักรวรรดิคือ การกำหนดภาษามาตรฐาน รวมไปถึงการส่งเสริมวรรณกรรมโครเอเชียและวัฒนธรรมโครเอเชีย ในระหว่างการปฏิวัติฮังการี ในปีค.ศ. 1848 โครเอเชียได้อยู่ฝ่ายออสเตรีย ยอซิป เยลาชิช ช่วยในการต่อสู้รบกับกองกำลังฮังการีในปีค.ศ. 1849 และนำไปสู่ยุคนโยบายการทำให้เป็นเยอรมัน (Germanization) ในเวลาต่อไปมา

ในปีค.ศ. 1860 ความล้มเหลวของนโยบายเริ่มชัดเจนขึ้น นำไปสู่การประนีประนอมของออสโตร-ฮังการีของปีค.ศ. 1867 และการสร้างการรวมตัวระหว่างบุคคลระหว่างจุดสูงสุดของจักรวรรดิออสเตรียและราชอาณาจักรฮังการี สนธิสัญญาทิ้งสถานะของโครเอเชียให้กับฮังการี และสถานะเปลี่ยนโดยข้อยุติโครเอเชีย-ฮังการี ในปีค.ศ. 1868 เมื่อราชอาณาจักรโครเอเชียและสลาโวเนียได้รวมเป็นหนึ่งเดียว ราชอาณาจักรดัลมาเชียยังคงเป็นอยู่ในการปกครองของออสเตรียทางพฤตินัย ขณะที่รีเยกา (Rijeka) ได้รับสถานะเมืองแยกตัว (Corpus separatum) ในปีค.ศ. 1779

หลังจากออสเตรีย-ฮังการียึดครองบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา จากสนธิสัญญาเบอร์ลิน 1878 (1878 Trety of Berlin) แนวหน้าทางทหารโครเอเชียถูกโค่นล้ม และอาณาเขตได้กลับคืนเป็นของโครเอเชียในปีค.ศ. 1881 ตามบทบัญญัติข้อยุติของโครเอเชีย-ฮังการี ความพยายามในการรื้อฟื้นออสเตรีย-ฮังการีที่นำมาซึ่งไปสู่การรวมโครเอเชียในฐานะหน่วยสหพันธรัฐ หยุดโดยการเริ่มต้นของสงครามโลกครั้งที่ 1

วันที่ 29 ตุลาคม ค.ศ. 1918 รัฐสภาโครเอเชีย (Sabor) ประกาศเอกราชและตัดสินใจที่จะเข้าร่วมรัฐสโลวีน โครแอตและเซิร์บที่เพิ่งก่อตั้งใหม่ ซึ่งภายหลังได้รวมเป็นหนึ่งเดียวกับราชอาณาจักรเซอร์เบียในวันที่ 4 ธันวาคม ค.ศ.1918 จึงได้ชื่อใหม่ว่า ราชอาณาจักรเซิร์บ โครแอต และสโลวีน ทางสภาโครเอเชียไม่เคยยื่นข้อเสนอในการรวมกับเซอร์เบียและมอนเตเนโกร รัฐธรรมนูญปี ค.ศ. 1921 กำหนดให้ประเทศเป็นรัฐเดี่ยว แล้วยกเลิกระบบสภาของโครเอเชียและเขตการปกครองทางประวัติศาสตร์ ส่งผลให้การปกครองตนเองของโครเอเชียได้สิ้นสุดไป

รัฐธรรมนูญใหม่ขัดแย้งกับพรรคการเมืองแห่งชาติที่มีการสนับสนุนโดยกว้าง คือพรรค Croatian Peasant Party (HSS) นำโดย สเตปาน ราดิช

สถานการณ์ทางการเมืองย่ำแย่ลงเมื่อราดิชถูกลอบสังหารในสมัชชาแห่งชาติในปีค.ศ. 1928 นำไปสู่ยุคเผด็จการของพระเจ้าอเล็กซานเดอร์ ในปีค.ศ. 1929 ต่อมายุคเผด็จการได้สิ้นสุดลงอย่างทางการในปีค.ศ. 1931 เมื่อพระเจ้าอเล็กซานเดอร์กำหนดรัฐธรรมนูญที่รวมศูนย์กลางไว้แห่งเดียว และเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นประเทศยูโกสลาเวีย พรรค Croatian Peasant (HSS) สนับสนุนการรวมสหพันธรัฐยูโกสลาเวีย ทำให้เป็นผลของข้อตกลง Cvetković–Maček ของเดือนสิงหาคม ปี 1939 และการก่อตั้งเขตการปกครองตนเองบาโนวีนา (Banovina) ในโครเอเชีย รัฐบาลยูโกสลาเวียยังคงควบคุมการป้องกันตัวเอง สวัสดิการภายใน การค้า และการขนส่ง ขณะที่ปัญหาอื่นๆ เหลือให้ทางสภาโครเอเชียจัดการ

ในเดือนเมษายน ปีค.ศ. 1941 ยูโกสลาเวียอยู่ภายใต้การควบคุมของประเทศเยอรมนีและประเทศอิตาลี ตามด้วยการบุกรุกอาณาเขตของประเทศโครเอเชีย ประเทศบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา และพื้นที่ Syrmia ถูกผนวกรวมเป็นรัฐเอกราชโครเอเชีย (Independent State of Croatia – NDH) ซึ่งเป็นรัฐหุ่นเชิดของนาซีเยอรมนี พื้นที่ฝั่งดัลมาเชียถูกผนวกรวมกับประเทศอิตาลี และพื้นที่บารันยา (Baranja) และเมจิมูเรีย (Međimurje) ในทางตอนเหนือของโครเอเชีย ได้ถูกผนวกรวมเข้ากับประเทศฮังการี รัฐเอกราชโครเอเชียปกครองโดย อันเต ปาเลวิช (Ante Pavelić) และกลุ่มคลั่งชาติอุสตาเช่ (Ustaše)