ดินแดนของเช็กเกียในปัจจุบัน มีประวัติศาสตร์ย้อนหลังไปราว 2,000 ปี นับตั้งแต่เมื่อชนเผ่าสลาวอนิก (Slavonic Tribes) หรือชนเผ่าสลาฟ ได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานแคว้นโบฮีเมียได้พัฒนาเป็นรัฐอิสระเป็นครั้งแรกในคริสต์ศตวรรษที่ 9 แต่ต่อมาในคริสต์ศตวรรษที่ 13 ชนเผ่าเยอรมันได้อพยพเข้ามายึดดินแดนเช็กในปัจจุบันเป็นอาณานิคม ซึ่งเป็นปัจจัยที่สร้างวัฒนธรรมเช็กให้มีทั้งลักษณะของชนเผ่าเยอรมันและชนเผ่าสลาฟ กรุงปรากจึงเต็มไปด้วยสถาปัตยกรรมอันหลากหลาย อาทิ โรมาเนสก์ กอทิก สมัยฟื้นฟูศิลปวิทยา บาโรก รวมทั้งศิลปะรูปแบบต่าง ๆ ทำให้กรุงปรากเป็นเมืองที่แสดงให้เห็นถึงประวัติความเป็นมาของเช็กเกียได้อย่างดี ตั้งแต่สมัยอาณาจักรโรมัน จนกระทั่งถึงสมัยราชวงศ์ฮับสบูร์ก (ราวศตวรรษที่ 15-18) และองค์การยูเนสโก ได้เลือกให้เป็นมรดกโลกด้านวัฒนธรรม นอกจากนี้ เช็กยังมีชื่อเสียงและประวัติศาสตร์อันยาวนานด้านการผลิตเบียร์ โดยเฉพาะที่เมืองเปิลเซน (Plzen)

กรุงปรากเป็นเมืองที่สำคัญในยุโรปตั้งแต่สมัยอาณาจักรโรมันและยุคกลางของยุโรป จักรพรรดิคาร์ลที่ 4แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ได้ก่อตั้งมหาวิทยาลัยชาลส์ (Charles University) ขึ้นที่กรุงปรากซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยที่เก่าแก่ที่สุดในยุโรปตะวันออก ในช่วงยุคกลาง เช็กเกียอยู่ภายใต้การปกครองของคริสตจักรเช่นเดียวกับดินแดนอื่น ๆ ในยุโรป จนกระทั่งในปี ค.ศ. 1526 เช็กเกียจึงตกอยู่ภายใต้การควบคุมของราชวงศ์ฮับสบูร์ก ในศตวรรษที่ 19 เริ่มมีการฟื้นฟูความตระหนักถึงชนชาติ ซึ่งถึงจุดสูงสุดในปี ค.ศ. 1848 เมื่อกรุงปรากเป็นเมืองแรกในอาณาจักรฮับสบูร์กที่เรียกร้องให้มีการปฏิรูป และต้องการแยกตัวเป็นรัฐอิสระ แต่ไม่ประสบผลสำเร็จ จนกระทั่งภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 1

ภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 1 สิ้นสุดลง ฝ่ายพันธมิตรได้สนับสนุนให้ชาวเช็กและชาวสโลวักสร้างสหพันธรัฐประชาธิปไตยเชโกสโลวาเกียขึ้น ในปี ค.ศ. 1918 เนื่องจากชาวเช็กและชาวสโลวักมีภาษาคล้ายคลึงกัน แต่แยกจากกันทางการเมือง เนื่องจากสโลวาเกียเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรฮังการี ในช่วงก่อนสงครามโลกครั้งที่ 2 เชโกสโลวาเกียเป็นประเทศที่อุตสาหกรรมมีความก้าวหน้าที่สุดจนติดอันดับหนึ่งในสิบของโลก อย่างไรก็ตาม ยังคงมีปัญหาทางการเมืองอย่างต่อเนื่อง เนื่องจากชาวสโลวักต้องการแยกตัวออกเป็นรัฐอิสระจากชาวเช็กซึ่งมีบทบาทเหนือกว่า

ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1939 กองทัพเยอรมนีนาซีได้รุกรานแคว้นโบฮีเมียและมอเรเวีย ทำให้เชโกสโลวาเกียสูญเสียความเป็นรัฐเอกราช จนกระทั่งในปี ค.ศ. 1945 กองทัพโซเวียตได้ปลดปล่อยดินแดนของเชโกสโลวาเกียจากการปกครองของนาซี ทำให้สหภาพโซเวียตมีบทบาทสำคัญต่อพัฒนาการทางการเมืองของเชโกสโลวาเกียในเวลาต่อมา และในปี ค.ศ. 1948 พรรคคอมมิวนิสต์ได้ก่อรัฐประหารยึดอำนาจไว้

พรรคคอมมิวนิสต์มีอิทธิพลในเชโกสโลวาเกียมาโดยตลอด จนกระทั่งในช่วงปลายทศวรรษที่ 60 ได้เริ่มมีการเคลื่อนไหวเพื่อการปฏิรูป ที่เรียกว่า ช่วงฤดูใบไม้ผลิแห่งกรุงปราก (Prague Spring) ภายใต้การนำของนายอาเลกซันแดร์ ดุปเชก (Alexander Dubček) เลขาธิการพรรคคอมมิวนิสต์ สหภาพโซเวียต และประเทศอื่นในกลุ่มกติกาสนธิสัญญาวอร์ซอ (Warsaw Pact) เกรงว่าความเคลื่อนไหวดังกล่าวจะเป็นภัยคุกคามต่อระบบคอมมิวนิสต์ จึงได้ยกกองกำลังเข้าไปในเชโกสโลวาเกียเมื่อปี ค.ศ. 1968 และจัดตั้งระบบคอมมิวนิสต์ที่เข้มงวดขึ้น อย่างไรก็ตาม ยังคงมีแนวคิดต่อต้านระบบคอมมิวนิสต์ในเชโกสโลวาเกีย

หลังจากที่สหภาพโซเวียตล่มสลายลง เชโกสโลวาเกียได้เริ่มมีการเปลี่ยนแปลงการปกครองเป็นระบอบประชาธิปไตยอย่างสันติ โดยผ่านกระบวนการที่เรียกว่า การปฏิวัติกำมะหยี่ (Velvet Revolution) และนายวาตสลัฟ ฮาเวล (Václav Havel) ซึ่งเป็นผู้นำกลุ่มเคลื่อนไหวต่อต้านระบบคอมมิวนิสต์ ได้รับเลือกตั้งให้เป็นประธานาธิบดีเชโกสโลวาเกียในปี ค.ศ. 1989

รัฐบาลเชโกสโลวาเกียได้มีมติเมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2536 ให้สลายประเทศเชโกสโลวาเกีย และแบ่งออกเป็นสาธารณรัฐเช็ก (เช็กเกีย) และสาธารณรัฐสโลวัก (สโลวาเกีย) ซึ่งเป็นกระบวนการที่เรียกว่า Velvet Divorce ต่อมา นายวาตสลัฟ ฮาเวลได้รับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีคนแรกของเช็กเกียในปี ค.ศ. 1993 และได้รับเลือกตั้งเป็นครั้งที่ 2 ในปี ค.ศ. 1998 จนกระทั่งหมดวาระ (วาระละ 5 ปี) เมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2003 และนายวาตสลัฟ เกลาส์ (Vaclav Klaus) ได้เข้ารับตำแหน่งประธานาธิบดีสืบต่อ เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2003