ฮกไกโดเป็นถิ่นที่อยู่ของชาวไอนุตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์ ชื่อสถานที่หลายแห่งบนเกาะเช่นเมืองซัปโปโระก็เป็นภาษาไอนุ

ฮกไกโดเคยมีชื่อว่าเอโซะจนสิ้นยุคเมจิ ในช่วงสงครามโบชินเมื่อปี พ.ศ. 2411 (ค.ศ. 1868) กองกำลังสนับสนุนรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะซึ่งนำโดยเอโนโมโตะ ทาเกอากิ ได้ประกาศเป็นรัฐอิสระในนามสาธารณรัฐเอโซะ แต่ก็ล่มสลายในปี พ.ศ. 2412 (ค.ศ. 1869) ภายหลังแบ่งเขตการปกครองเป็น 4 ส่วน

.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}