Medeltiden  Utsikt över Toledo, av El Greco cirka 1600.

Los Reyes Católicos bebyggde och gjorde staden större, och i den toledanska katedralen proklamerades Johanna I av Kastilien och Filip den sköne som arvingar till den spanska kronan (1502).

Staden var en av de första som enades i kommunrevolten (1520), med ledare som Lasso de Vega och Padilla. Efter kommunernas nederlag vid Villalar den 23 april 1521 (Padilla blev avrättad dagen efter), blev toledoborna, under framgångsrik ledning av María Pacheco Padilla, Padillas änka, de som gjorde mest motstånd mot utnämningen av Carlos I, fram till nederlaget 1522. Toledo omvandlades till en av imperiets huvudstäder.

Sedan Filip II år 1563 beslutat att flytta hovet till Madrid, tappade staden en stor del av sin politiska och sociala tyngd. Nedgången för textilindustrin accentuerade Toledos förfall, som också gick i takt med Spaniens historia.

Bildandet av Real Compañía de Comercio y Fábricas (Kungliga kompaniet för handel och tillverkning), 1748, var ett försök av kungahuset att inspirerade av upplysningstiden återuppväcka staden, vilket under en kort tid åter gav liv åt staden, men i mitten av 1700-talet var den återigen i förfall och hade reducerats till att enbart handha administrativa funktioner.

 Panoramabild över ToledoModern historia

När spanska inbördeskriget bröt ut hamnade staden i den republikanska zonen. I Alcázar, som var högkvarter för infanteriakademin, sökte en grupp nationalister skydd (1950 personer, enligt den samtida bulletinen El Alcázar) under ledning av överste Moscardó, och gjorde motstånd mot regeringen från 21 juli 1936 fram till ankomsten av general Varelas trupper den 27 september samma år. Belägringen av Alcázar, en händelse som fick genomslag över hela världen, användes ofta i propagandan för Franco. El Alcázar, som blivit nästan helt förstörd vid belägringen rekonstruerades senare i sin helhet.

Förtrycket och våldet mellan de båda sidornas anhängare var ett karakteristiskt inslag för kriget och för efterkrigstiden. I en början, då staden fortfarande låg under republikansk dominans ordnades allmänna avrättningar, där stadens medborgare avrättades vid blotta misstanken om att tillhöra högerfalangen eller tillhöra den katolska kyrkan[1]. Vid en av dessa arkebuseringar dödades dekanen i stadens katedral och enligt francoregimens historia dödades också Franco Moscardó Luis, som var son till den belägrade översten i Alcázar. I september 1936 installerades en folkdomstol i ärkebiskopens palats. Den blev kortlivad, och genomförde endast fyra processer innan den flyttades till Madrid. Livet i staden innebar ett konstant tillstånd av krig, med sammandrabbningar och oupphörliga bombningar av området El Alcázar. Felriktade bombningar orsakade många skador i staden, särskilt vid det närbelägna torget Zocodover. Efter att staden intagits av de francotrogna trupperna blossade förtrycket åter upp, i synnerhet med avrättningar på sjukhus av kvinnor och sårad milis. Fram till och med december 1936 befann sig staden i ett tillstånd av terror, under ledning av befälhavaren Planas och riktat mot alla medborgare som inte hade samarbetat med de nationella styrkorna[2]

Staden valdes till officiell huvudstad för den autonoma regionen Kastilien-La Mancha 1983.[3]