Man har inte funnit några arkeologiska fynd från förhistorisk tid på Sokotra[1], men det är klart att ön var känd i Egypten, Europa och Indien redan under antiken även om de tidiga uppgifterna är osäkra. Genetiska data antyder att det är minst 6 000 år sedan som bedu-befolkningen anlände till ön[2]. På ön växte under antiken aloe och drakblodsträd, liksom träd som gav rökelse och myrra. En egyptisk berättelse från 1700-talet f.Kr. säger att ”rökelselandets” kung bodde på ön Pa’-anch, vilket har tolkats som Sokotra. Egyptierna handlade med landet Punt som tros ha legat på Afrikas horn och kan då ha passerat Sokotra.

Enligt Periplus Maris Erythraei, en grekisk skrift från första århundradet f.Kr., tillhör Sokotra ett kungarike på arabiska halvön, Hadhramaut. På ön finns sköldpaddor och där produceras kåda från drakblodsträdet. Både sköldpaddsskal och drakblodskåda är viktiga handelsvaror. Sokotra befolkas av människor från fastlandet, men där finns också greker och indier. Geografen Diodorus Siculus, också första århundradet f.Kr., nämner staden Panara vilket var ett tidigare namn för Hadibu.

Redan för 2 000 år sedan besökte indiska sjöfarare Sokotra och det fanns tidigt indiska bosättare på ön. Man har i grottor funnit målningar och inskrifter på olika indiska språk gjorda på 100-300-talen e.Kr. Ghee, en sorts skirat smör, har länge tillverkats på Sokotra och är idag en exportvara. Ghee anses ha införts av tidiga indiska bosättare. Även förekomsten av indisk sibetkatt (Viverricula indica) på Sokotra vittnar om arvet från Indien.

Det har funnits starka band mellan Sokotra och Mahra-området på arabiska halvön åtminstone sedan första århundradet e.Kr. Arabiska sjöfarare bedrev tidigt handel längs östafrikanska kusten och passerade då Sokotra. Trots detta är de arabiska källorna fåtaliga och fåordiga. En källa från 900-talet berättar att ön är ett tillhåll för pirater.

Marco Polo (1254–1324) besökte aldrig själv Sokotra men berättar att på ön fanns kvinnor som var kunniga i trolldom.[1][3][4][5]

I början av 1500-talet beslöt Portugal att man skulle försöka använda sig av Sokotra som en stödjepunkt i det handelskrig som utkämpades mot Egypten och Venedig. Man hade informerats om att det fanns en kristen befolkning på ön, men också att där fanns flera arabiska befästningar. Den arabiska styrkan besegrades 1507 av Afonso de Albuquerque. Han lämnade kvar en garnison vid den dåvarande hamnstaden Suq, men man upptäckte snart att förhållandena på ön var alltför besvärliga och redan några år senare lämnade man Sokotra.

Under 1600-talet besökte brittiska handelsfartyg Sokotra för att ta ombord sötvatten och aloe. Mot slutet av seklet upphörde besöken eftersom man funnit lämpligare hamnar på arabiska halvön, men på 1830-talet blev man åter intresserad av ön. Ångfartygen som trafikerade Indien behövde en plats att bunkra kol. Man förhandlade med sultanen av Qishn och Sokotra om köp eller hyra, men utan resultat. Turkiet och andra stater visade också intresse för ön. Först 1876 nådde britterna en ekonomisk uppgörelse med sultanen. Sultanen förband sig nu att enbart Storbritannien skulle ges tillträde till ön. 1886 blev Sokotra ett brittiskt protektorat och blev administrativt en del av Brittiska Indien fram till 1937 då det överfördes till Adenprotektoratet. Britterna anlade 1940 en landningsbana för flygplan utanför staden Hadibu. 1967 upphörde den brittiska kontrollen när republiken Sydjemen bildades av Adenprotektoratet.[1][5]

Den socialistiska regimen i Sydjemen kom att politiskt närma sig Sovjetunionen, som kunde anlägga en militärbas på Sokotra för sin flotta och sitt flyg. Sovjetiska lingvister och folklorister fick möjlighet att studera språk och kultur på ön och deras insatser har varit betydelsefulla för vidga kunskapen om Sokotra[6]. 1990 gick Sydjemen samman med Nordjemen och bildade republiken Jemen. Sokotra öppnades nu också för andra länders forskare och även turister fann vägen till ön. När en ny större flygplats anlades 1999 kunde turismen ta fart, från 140 personer detta år till nästan 4 000 år 2010. Konflikter i Jemen sedan 2011 har dock medfört att turistströmmen har sinat.

I november 2015 drabbades Sokotra av två tropiska cykloner med stor materiell förödelse som följd. Förenade Arabemiraten har gjort en massiv insats för återuppbyggnad av skadade byggnader och infrastruktur. Man har samtidigt anklagats för att i praktiken försöka annektera ön. Förenade Arabemiraten har liksom Saudiarabien stationerat militär personal på ön. Dessa länder är nu (2018) djupt inblandade i konflikten i Jemen och Sokotra har blivit en bricka i spelet.[7][8][5][9][10][2]